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Table 4 Type I error of global test via 1500 simulations at α = 0.05

From: Regression-based approach for testing the association between multi-region haplotype configuration and complex trait

Sample Size Minor Allele Frequency Model Type
   Model 1 Model 2 Model 5 Model 6
50 q = 0.1 0.034(0.024-0.047) 0.031(0.021-0.044) 0.048(0.036-0.063) 0.039(0.028-0.053)
  q = 0.3 0.050(0.037-0.065) 0.041(0.030-0.055) 0.044(0.032-0.059) 0.044(0.032-0.059)
  q = 0.5 0.052(0.039-0.068) 0.062(0.048-0.079) 0.047(0.035-0.062) 0.056(0.043-0.072)
100 q = 0.1 0.040(0.029-0.054) 0.032(0.022-0.045) 0.047(0.035-0.062) 0.037(0.026-0.051)
  q = 0.3 0.038(0.027-0.052) 0.044(0.032-0.059) 0.043(0.031-0.059) 0.037(0.026-0.051)
  q = 0.5 0.048(0.036-0.063) 0.044(0.032-0.059) 0.051(0.038-0.067) 0.052(0.039-0.068)
200 q = 0.1 0.045(0.033-0.060) 0.041(0.030-0.055) 0.055(0.042-0.071) 0.031(0.021-0.044)
  q = 0.3 0.048(0.036-0.063) 0.041(0.030-0.055) 0.047(0.035-0.062) 0.042(0.030-0.056)
  q = 0.5 0.047(0.035-0.062) 0.049(0.036-0.064) 0.037(0.026-0.051) 0.041(0.030-0.055)
400 q = 0.1 0.027(0.018-0.039) 0.040(0.029-0.054) 0.042(0.030-0.056) 0.038(0.027-0.052)
  q = 0.3 0.043(0.031-0.059) 0.037(0.026-0.051) 0.041(0.030-0.055) 0.044(0.032-0.059)
  q = 0.5 0.041(0.030-0.055) 0.052(0.039-0.068) 0.042(0.030-0.056) 0.048(0.036-0.063)