TY - JOUR AU - Hu, Z. -. L. AU - Dracheva, S. AU - Jang, W. AU - Maglott, D. AU - Bastiaansen, J. AU - Rothschild, M. AU - Reecy, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - A QTL resource and comparison tool for pigs: PigQTLDB JO - Mammalian Genome VL - 16 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-005-0060-9 DO - 10.1007/s00335-005-0060-9 ID - Hu2005 ER - TY - JOUR AU - Rohrer, G. A. AU - Keele, J. W. PY - 1998 DA - 1998// TI - Identification of quantitative trait loci affecting carcass composition in swine: I. Fat deposition traits JO - J Anim Sci VL - 76 ID - Rohrer1998 ER - TY - JOUR AU - Milan, D. AU - Bidanel, J. P. AU - Iannuccelli, N. AU - Riquet, J. AU - Amigues, Y. AU - Gruand, J. AU - Le Roy, P. AU - Renard, C. AU - Chevalet, C. PY - 2002 DA - 2002// TI - Detection of quantitative trait loci for carcass composition traits in pigs JO - Genet Sel Evol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1186/1297-9686-34-6-705 DO - 10.1186/1297-9686-34-6-705 ID - Milan2002 ER - TY - JOUR AU - Malek, M. AU - Dekkers, J. C. AU - Lee, H. K. AU - Baas, T. J. AU - Rothschild, M. F. PY - 2001 DA - 2001// TI - A molecular genome scan analysis to identify chromosomal regions influencing economic traits in the pig. I. Growth and body composition JO - Mamm Genome VL - 12 UR - https://doi.org/10.1007/s003350020018 DO - 10.1007/s003350020018 ID - Malek2001 ER - TY - JOUR AU - de Koning, D. J. AU - Janss, L. L. G. AU - Rattink, A. P. AU - van Oers, P. A. M. AU - de Vries, B. J. AU - Groenen, M. A. M. AU - Poel, J. J. v. a. n. d. e. r. AU - de Groot, P. N. AU - Brascamp, E. W. AU - van Arendonk, J. A. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Detection of Quantitative Trait Loci for Backfat Thickness and Intramuscular Fat Content in Pigs (Sus scrofa) JO - Genetics VL - 152 ID - de Koning1999 ER - TY - JOUR AU - Yue, G. AU - Stratil, A. AU - Cepica, S. AU - Schroffel, J. AU - Schroffelova, D. AU - Fontanesi, L. AU - Cagnazzo, M. AU - Moser, G. AU - Bartenschlager, H. AU - Reiner, G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Linkage and QTL mapping for Sus scrofa chromosome 7 JO - Journal of Animal Breeding and Genetics VL - 120 UR - https://doi.org/10.1046/j.0931-2668.2003.00424.x DO - 10.1046/j.0931-2668.2003.00424.x ID - Yue2003 ER - TY - JOUR AU - de Koning, D. J. AU - Rattink, A. P. AU - Harlizius, B. AU - Groenen, M. A. M. AU - Brascamp, E. W. AU - van Arendonk, J. A. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Detection and characterization of quantitative trait loci for growth and reproduction traits in pigs JO - Livestock Production Science VL - 72 UR - https://doi.org/10.1016/S0301-6226(01)00226-3 DO - 10.1016/S0301-6226(01)00226-3 ID - de Koning2001 ER - TY - JOUR AU - Tanaka, M. AU - Suzuki, K. AU - Morozumi, T. AU - Kobayashi, E. AU - Matsumoto, T. AU - Domukai, M. AU - Eguchi-Ogawa, T. AU - Shinkai, H. AU - Awata, T. AU - Uenishi, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomic structure and gene order of swine chromosome 7q1.1-->q1.2 JO - Anim Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2005.01362.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2005.01362.x ID - Tanaka2006 ER - TY - JOUR AU - Barbosa, A. AU - Demeure, O. AU - Urien, C. l. AU - Milan, D. AU - Chardon, P. AU - Renard, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - A physical map of large segments of pig Chromosome 7q11-q14: comparative analysis with human Chromosome 6p21 JO - Mammalian Genome VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-004-3008-6 DO - 10.1007/s00335-004-3008-6 ID - Barbosa2004 ER - TY - JOUR AU - Tanaka, T. AU - Yamamoto, J. AU - Iwasaki, S. AU - Asaba, H. AU - Hamura, H. AU - Ikeda, Y. AU - Watanabe, M. AU - Magoori, K. AU - Ioka, R. X. AU - Tachibana, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Activation of peroxisome proliferator-activated receptor {delta} induces fatty acid {beta}-oxidation in skeletal muscle and attenuates metabolic syndrome JO - PNAS VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0306981100 DO - 10.1073/pnas.0306981100 ID - Tanaka2003 ER - TY - JOUR AU - Kuehn, L. A. AU - Rohrer, G. A. AU - Nonneman, D. J. AU - Thallman, R. M. AU - Leymaster, K. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Detection of single nucleotide polymorphisms associated with ultrasonic backfat depth in a segregating Meishan × White Composite population JO - J Anim Sci VL - 85 UR - https://doi.org/10.2527/jas.2006-704 DO - 10.2527/jas.2006-704 ID - Kuehn2007 ER - TY - JOUR AU - Demars, J. AU - Riquet, J. AU - Sanchez, M. P. AU - Billon, Y. AU - Hocquette, J. F. AU - Lebret, B. AU - Iannuccelli, N. AU - Bidanel, J. P. AU - Milan, D. AU - Gondret, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Metabolic and histochemical characteristics of fat and muscle tissues in homozygous or heterozygous pigs for the body composition QTL located on chromosome 7 JO - Physiol Genomics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00270.2006 DO - 10.1152/physiolgenomics.00270.2006 ID - Demars2007 ER - TY - JOUR AU - Ponsuksili, S. AU - Murani, E. AU - Walz, C. AU - Schwerin, M. AU - Wimmers, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Pre- and postnatal hepatic gene expression profiles of two pig breeds differing in body composition: insight into pathways of metabolic regulation JO - Physiol Genomics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00178.2006 DO - 10.1152/physiolgenomics.00178.2006 ID - Ponsuksili2007 ER - TY - JOUR AU - Chamary, J. V. AU - Parmley, J. L. AU - Hurst, L. D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Hearing silence: non-neutral evolution at synonymous sites in mammals JO - Nat Rev Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1770 DO - 10.1038/nrg1770 ID - Chamary2006 ER - TY - JOUR AU - Kimchi-Sarfaty, C. AU - Oh, J. M. AU - Kim, I. -. W. AU - Sauna, Z. E. AU - Calcagno, A. M. AU - Ambudkar, S. V. AU - Gottesman, M. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - A "Silent" Polymorphism in the MDR1 Gene Changes Substrate Specificity JO - Science VL - 315 UR - https://doi.org/10.1126/science.1135308 DO - 10.1126/science.1135308 ID - Kimchi-Sarfaty2007 ER - TY - JOUR AU - Wray, G. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The evolutionary significance of cis-regulatory mutations JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2063 DO - 10.1038/nrg2063 ID - Wray2007 ER - TY - JOUR AU - Luquet, S. AU - Lopez-Soriano, J. AU - Holst, D. AU - Fredenrich, A. AU - Melki, J. AU - Rassoulzadegan, M. AU - Grimaldi, P. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Peroxisome proliferator-activated receptor {delta} controls muscle development and oxidative capability JO - FASEB J VL - 17 ID - Luquet2003 ER - TY - JOUR AU - Skogsberg, J. AU - Kannisto, K. AU - Roshani, L. AU - Gagne, E. AU - Hamsten, A. AU - Larsson, C. AU - Ehrenborg, E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Characterization of the human peroxisome proliferator activated receptor delta gene and its expression JO - Int J Mol Med VL - 6 ID - Skogsberg2000 ER - TY - STD TI - Richtlinie für die Stationsprüfung auf Mastleistung, Schlachtkörperwert und Fleischbeschaffenheit beim Schwein. [http://www.zds-bonn.de/download.php/790/rlnkp04.pdf] UR - http://www.zds-bonn.de/download.php/790/rlnkp04.pdf ID - ref19 ER - TY - STD TI - Porcine BAC End Sequencing Project. [http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_scrofa/BES.shtml] UR - http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_scrofa/BES.shtml ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Staden, R. PY - 1996 DA - 1996// TI - The Staden sequence analysis package JO - Mol Biotechnol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1007/BF02900361 DO - 10.1007/BF02900361 ID - Staden1996 ER - TY - STD TI - Primer3. [http://frodo.wi.mit.edu/primer3/] UR - http://frodo.wi.mit.edu/primer3/ ID - ref22 ER - TY - STD TI - National Center for Biotechnology Information. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Nickerson, D. A. AU - Tobe, V. O. AU - Taylor, S. L. PY - 1997 DA - 1997// TI - PolyPhred: automating the detection and genotyping of single nucleotide substitutions using fluorescence-based resequencing JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.14.2745 DO - 10.1093/nar/25.14.2745 ID - Nickerson1997 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Hillier, L. AU - Wendl, M. C. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using phred. I. Accuracy assessment JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.175 DO - 10.1101/gr.8.3.175 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Ewing, B. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Base-calling of automated sequencer traces using phred. II. Error probabilities JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.186 DO - 10.1101/gr.8.3.186 ID - Ewing1998 ER - TY - JOUR AU - Gordon, D. AU - Abajian, C. AU - Green, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Consed: a graphical tool for sequence finishing JO - Genome Res VL - 8 UR - https://doi.org/10.1101/gr.8.3.195 DO - 10.1101/gr.8.3.195 ID - Gordon1998 ER - TY - JOUR AU - Frith, M. C. AU - Hansen, U. AU - Weng, Z. PY - 2001 DA - 2001// TI - Detection of cis-element clusters in higher eukaryotic DNA JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.10.878 DO - 10.1093/bioinformatics/17.10.878 ID - Frith2001 ER - TY - STD TI - Gene Regulation. [http://www.gene-regulation.com] UR - http://www.gene-regulation.com ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Cartharius, K. AU - Frech, K. AU - Grote, K. AU - Klocke, B. AU - Haltmeier, M. AU - Klingenhoff, A. AU - Frisch, M. AU - Bayerlein, M. AU - Werner, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - MatInspector and beyond: promoter analysis based on transcription factor binding sites JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti473 DO - 10.1093/bioinformatics/bti473 ID - Cartharius2005 ER - TY - JOUR AU - Zuker, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction JO - Nucl Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg595 DO - 10.1093/nar/gkg595 ID - Zuker2003 ER - TY - JOUR AU - Stephens, M. AU - Donnelly, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparison of bayesian methods for haplotype reconstruction from population genotype data JO - Am J Hum Genet VL - 73 UR - https://doi.org/10.1086/379378 DO - 10.1086/379378 ID - Stephens2003 ER - TY - JOUR AU - Stephens, M. AU - Smith, N. J. AU - Donnelly, P. PY - 2001 DA - 2001// TI - A new statistical method for haplotype reconstruction from population data JO - Am J Hum Genet VL - 68 UR - https://doi.org/10.1086/319501 DO - 10.1086/319501 ID - Stephens2001 ER - TY - STD TI - R: A language and environment for statistical computing. [http://www.r-project.org] UR - http://www.r-project.org ID - ref34 ER - TY - STD TI - effects: Effect Displays for Linear and Generalized Linear Models. [http://www.r-project.org] UR - http://www.r-project.org ID - ref35 ER - TY - JOUR AU - Alvarez, M. J. AU - Vila-Ortiz, G. J. AU - Salibe, M. C. AU - Podhajcer, O. L. AU - Pitossi, F. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Model based analysis of real-time PCR data from DNA binding dye protocols JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-85 DO - 10.1186/1471-2105-8-85 ID - Alvarez2007 ER - TY - JOUR AU - Pfaffl, M. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR JO - Nucl Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.9.e45 DO - 10.1093/nar/29.9.e45 ID - Pfaffl2001 ER -