Genetic variation, population structure and linkage disequilibrium in peach commercial varieties

Aranzana, Maria José; Abbassi, El-Kadri; Howad, Werner; Arús, Pere

doi:10.1186/1471-2156-11-69

BMC Genomic Data

Table 1 Variability parameters calculated for 50 SSR markers in 224 peach cultivars

From: Genetic variation, population structure and linkage disequilibrium in peach commercial varieties

SSR	A	Ae	Ho	He	F	# Genotypes	PD	Reference
BPPCT001	9	3.46	0.55	0.71	0.22	26	0.87	[37]
BPPCT006	11	2.77	0.50	0.64	0.22	21	0.81	[37]
BPPCT007	7	2.40	0.46	0.58	0.21	13	0.75	[37]
BPPCT008	11	1.55	0.18	0.36	0.50	24	0.45	[37]
BPPCT014	5	1.55	0.32	0.36	0.10	7	0.52	[37]
BPPCT015	15	3.11	0.57	0.68	0.16	27	0.85	[37]
BPPCT017	9	2.20	0.42	0.55	0.24	13	0.73	[37]
BPPCT020	6	2.69	0.39	0.63	0.38	12	0.78	[37]
BPPCT024	5	1.16	0.14	0.14	-0.01	6	0.25	[37]
BPPCT025	10	3.09	0.44	0.68	0.35	24	0.82	[37]
BPPCT037	7	2.11	0.43	0.53	0.18	11	0.68	[37]
BPPCT038	9	2.12	0.41	0.53	0.23	16	0.67	[37]
BPPCT039	2	1.65	0.37	0.39	0.06	3	0.56	[37]
CPPCT002	3	2.04	0.31	0.51	0.39	6	0.66	[38]
CPPCT005	8	2.50	0.45	0.60	0.26	15	0.78	[38]
CPPCT006	3	2.19	0.42	0.54	0.24	6	0.72	[38]
CPPCT013	3	1.02	0.02	0.02	-0.01	3	0.03	[38]
CPPCT015	4	1.07	0.06	0.06	0.12	5	0.11	[38]
CPPCT022	10	5.04	0.56	0.80	0.30	26	0.92	[38]
CPPCT026	11	1.91	0.26	0.48	0.46	18	0.62	[38]
CPPCT027	4	1.36	0.11	0.26	0.60	8	0.35	[38]
CPPCT029	7	1.98	0.44	0.50	0.10	12	0.68	[38]
CPPCT030	8	2.72	0.52	0.63	0.17	17	0.81	[38]
CPPCT033	5	2.16	0.32	0.54	0.40	10	0.71	[38]
CPPCT040	6	1.89	0.27	0.47	0.43	13	0.63	[6]
CPPCT042	6	2.06	0.43	0.52	0.17	13	0.71	[6]
CPPCT044	10	3.40	0.55	0.71	0.22	22	0.87	[6]
CPPCT046	4	1.51	0.33	0.34	0.01	5	0.53	[6]
CPSCT006	5	1.14	0.09	0.12	0.24	8	0.20	[39]
EPPCU1090	5	1.87	0.40	0.47	0.13	9	0.66	[21]
PCeGA34	4	1.74	0.26	0.42	0.38	6	0.58	[40]
pchcms5	3	1.68	0.33	0.41	0.20	6	0.59	[41]
pchgms1	3	1.02	0.01	0.02	0.50	4	0.03	[41]
pchgms2	3	1.18	0.14	0.15	0.03	4	0.26	[41]
pchgms3	6	1.33	0.20	0.25	0.19	10	0.40	[41]
pchgms6	8	3.40	0.52	0.71	0.26	15	0.86	[41]
PMS2	6	1.15	0.09	0.13	0.31	10	0.20	[42]
PS1H3	3	1.86	0.38	0.46	0.17	4	0.63	[42]
PS9f8	8	2.04	0.43	0.51	0.15	12	0.71	[43]
UDP96-001	6	1.49	0.19	0.33	0.44	11	0.45	[44]
UDP96-003	10	2.73	0.52	0.63	0.17	19	0.80	[44]
UDP96-005	7	1.97	0.36	0.49	0.28	15	0.65	[44]
UDP96-008	5	1.91	0.35	0.48	0.26	9	0.64	[44]
UDP96-013	7	1.67	0.22	0.40	0.44	12	0.55	[44]
UDP96-015	8	2.81	0.42	0.64	0.34	24	0.79	[44]
UDP96-018	5	2.03	0.36	0.51	0.28	9	0.69	[44]
UDP97-401	3	1.56	0.21	0.36	0.41	4	0.51	[44]
UDP98-024	5	2.81	0.47	0.64	0.28	11	0.82	[45]
UDP98-025	5	2.44	0.42	0.59	0.28	11	0.77	[45]
UDP98-409	5	1.64	0.26	0.39	0.33	9	0.56	[44]
Average	6.36	2.08	0.34	0.46	0.26	12.08	0.60

A = number of observed alleles; Ae = effective number of alleles; Ho = observed heterozygosity; He = expected heterozygosity; F = Wright's fixation index; PD = power of discrimination.

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ISSN: 2730-6844

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