Table 2 Haplotype distribution of P. infestans for Avr3a, Ras, β-tubuli n and Cox1.
From: Genetic diversity of Phytophthora infestans in the Northern Andean region
Avr3a | Ras | β-tubulin | Cox 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Position | 1 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 4 | 1 | 1 | 1 | 2 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 5 | 6 | 1 | 3 | 4 | 4 | 5 | 5 | 7 | 8 | 8 | 8 | 4 | 4 | 6 | ||||||||||||||||
4 | 5 | 8 | 0 | 0 | 2 | 3 | 4 | 6 | 8 | 0 | 1 | 6 | 9 | 0 | 1 | 6 | 0 | 1 | 4 | 6 | 7 | 9 | 8 | 3 | 3 | 6 | 3 | 5 | 2 | 7 | 2 | 4 | 7 | 0 | 0 | 1 | 1 | 2 | 4 | 2 | ||||||||||
3 | 5 | 3 | 0 | 2 | 0 | 8 | 2 | 4 | 4 | 9 | 5 | 3 | 8 | 5 | 2 | 2 | 3 | 2 | 8 | 2 | 1 | 7 | 7 | 5 | 6 | 0 | 3 | 2 | 5 | 0 | 4 | 8 | 9 | 4 | 1 | 2 | 5 | 1 | 5 | 6 | 0 | |||||||||
Site | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Number | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 0 | 1 | 2 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 0 | 1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 0 | 1 | 2 | 3 | 1 | 2 | 3 | 4 | ||||||||
Consensus | A | T | A | A | C | A | A | G | G | A | T | C | C | G | A | A | A | G | G | G | G | T | G | T | T | C | C | C | A | C | T | G | C | T | T | C | A | T | G | A | G | C | ||||||||
Site Type | v | v | v | v | t | t | t | t | v | t | v | v | t | v | v | t | t | t | v | t | v | t | t | t | v | t | t | t | t | t | t | t | t | v | t | t | v | v | v | t | v | t | ||||||||
Character Type | _ | i | _ | _ | _ | _ | i | _ | _ | _ | i | i | i | - | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | i | - | - | i | - | - | - | - | ||||||||
H1 | (80) | . | A | . | . | . | . | G | . | . | . | G | A | H1 | (19) | T | T | C | G | . | A | . | . | . | . | A | C | A | H1 | (68) | . | . | . | . | . | . | . | T | . | C | . | . | . | H2 | (1) | C | . | . | . | |
H2 | (1) | T | A | . | . | . | . | G | . | . | . | G | A | H2 | (178) | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | H2 | (1) | T | T | T | G | T | . | . | . | G | . | . | . | . | H1 | (94) | . | . | . | T | |
H3 | (2) | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | H3 | (2) | . | . | . | . | . | . | T | A | . | C | . | . | . | H3 | (1) | T | T | . | . | . | . | . | . | . | C | . | . | G | H5 | (43) | . | . | . | . | |
H4 | (1) | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | A | H4 | (14) | . | . | . | . | . | . | . | A | . | . | . | . | . | H4 | (1) | T | T | T | G | T | C | A | . | G | . | . | . | G | H4 | (1) | . | . | C | . | |
H5 | (2) | . | . | T | C | . | . | . | . | . | . | . | . | H5 | (1) | . | . | . | . | . | . | . | A | T | C | . | . | . | H5 | (1) | . | . | . | G | . | C | A | . | . | . | . | . | . | H3 | (3) | . | G | . | . | |
H6 | (2) | . | . | . | . | T | G | . | A | T | G | . | . | H6 | (20) | . | . | . | . | . | . | . | A | . | C | . | . | . | H6 | (1) | . | . | . | . | T | . | . | . | . | . | . | . | . | |||||||
H7 | (1) | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | C | . | H7 | (11) | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | |||||||||||||||||||||
H8 | (1) | T | . | C | G | . | A | . | . | . | . | A | C | A | H8 | (3) | . | . | . | . | . | . | . | . | . | C | . | . | . | |||||||||||||||||||||
H9 | (1) | . | . | . | . | G | . | . | . | . | . | . | . | . | H9 | (11) | . | . | . | . | . | . | . | T | . | . | . | . | . | |||||||||||||||||||||
H10 | (1) | . | . | . | . | G | . | . | A | . | C | . | . | . | H10 | (3) | . | . | . | . | . | . | . | T | . | C | T | C | . | |||||||||||||||||||||
H11 | (1) | . | . | . | . | G | . | . | A | T | . | . | . | . | H11 | (2) | . | . | . | . | . | . | . | T | . | C | . | . | G | |||||||||||||||||||||
H12 | (2) | . | . | . | . | . | . | T | . | . | . | . | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
H13 | (10) | . | . | . | . | . | . | . | . | . | . | A | C | A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||