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Table 2 Distribution of SNP sites within exon2 of MHC IIB allelic sequences of half-smooth tongue sole

From: MHC polymorphism and disease resistance to vibrio anguillarum in 8 families of half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis)

Serial
number
Position Base
type
Allele no.
(n = 88)
Frequency Serial
number
Position Base
type
Allele no.
(n = 88)
Frequency
1 6 T 87 0.989 39 104-106 ATC 51 0.580
   C 1 0.011    ATT 1 0.011
2 9-11 CTA 52 0.591    ATG 1 0.011
   GTA 1 0.011    CAG 35 0.398
   GAG 35 0.398 40 109-111 TCG 84 0.955
3 12 C 17 0.193    TCA 2 0.023
   T 34 0.386    CCG 1 0.011
   A 7 0.080    TTG 1 0.011
   G 30 0.341 41 124-126 GGA 49 0.557
4 13 A 82 0.932    AGA 12 0.136
   T 5 0.057    GAG 27 0.307
   G 1 0.011 42 130 A 56 0.636
5 14-15 AT 30 0.341    T 32 0.364
   AC 1 0.011 43 143 C 2 0.023
   TT 55 0.625    T 86 0.977
   CT 2 0.023 44 148-149 AT 49 0.557
6 16 C 32 0.364    TA 8 0.091
   T 20 0.227    TT 31 0.352
   A 36 0.409 45 156-157 CC 1 0.011
7 18 G 39 0.443    TA 24 0.273
   A 49 0.557    TC 63 0.716
8 19 T 33 0.375 46 163 C 87 0.989
   G 20 0.227    T 1 0.011
   C 30 0.341 47 168-169 AG 71 0.807
   A 5 0.057    GC 17 0.193
9 20 G 46 0.523 48 170-172 ATG 75 0.852
   A 34 0.386    ATT 9 0.102
   C 8 0.091    TTG 3 0.034
10 21-23 ACA 53 0.602    ACT 1 0.011
   GTG 35 0.398 49 174 G 1 0.011
11 24 G 74 0.841    A 87 0.989
   A 14 0.159 50 177-178 GA 86 0.977
12 25 A 35 0.398    AA 1 0.011
   G 31 0.352    GG 1 0.011
   T 19 0.216 51 181-183 GTC 80 0.909
   C 3 0.034    ATC 7 0.080
13 26 T 5 0.057    GAA 1 0.011
   C 83 0.943 52 193 C 24 0.273
14 28-29 CC 52 0.591    T 64 0.727
   CA 1 0.011 53 196 A 62 0.705
   GA 35 0.398    G 26 0.295
15 32-33 CG 35 0.398 54 198 A 69 0.784
   TG 1 0.011    G 19 0.216
   TC 52 0.591 55 199-200 GG 40 0.455
16 38-39 CA 52 0.591    GT 18 0.205
   CG 1 0.011    TG 8 0.091
   TA 35 0.398    CG 22 0.25
17 40-41 AC 51 0.580 56 205 A 67 0.761
   GC 1 0.011    C 20 0.227
   AT 35 0.398    G 1 0.011
   CT 1 0.011 57 207-208 GA 62 0.705
18 44 C 36 0.409    AC 3 0.034
   T 52 0.591    GG 8 0.091
19 47-49 AAA 52 0.591    GC 5 0.057
   AAG 1 0.011 58 210-211 AA 86 0.977
   TAA 19 0.216    GA 1 0.011
   TGA 16 0.182    AT 1 0.011
20 51 G 53 0.602 59 218 G 87 0.989
   C 35 0.398    T 1 0.011
21 53 G 36 0.409 60 220 A 87 0.989
   C 52 0.591    G 1 0.011
22 55-56 AC 69 0.784 61 226-227 TG 47 0.534
   AT 18 0.205    TA 40 0.455
   GC 1 0.011    CG 1 0.011
23 58 A 87 0.989 62 228 A 50 0.568
   G 1 0.011    C 29 0.330
24 63-64 GC 51 0.580    T 9 0.102
   GT 1 0.011 63 229 A 82 0.932
   GA 1 0.011    T 2 0.023
   CA 35 0.398    G 4 0.045
25 67 A 68 0.773 64 231-234 AAC 61 0.693
   T 20 0.227    ACT 2 0.022
26 72 C 13 0.148    CAC 20 0.227
   G 40 0.455    AGC 5 0.057
   T 35 0.398 65 237-238 GG 79 0.898
27 74 C 40 0.455    GA 5 0.057
   G 48 0.545    AG 4 0.045
28 78 C 38 0.432 66 240-241 AA 10 0.114
   T 50 0.568    AT 54 0.614
29 80 C 35 0.398    CT 23 0.261
   T 53 0.602    GT 1 0.011
30 82-83 AC 52 0.591 67 242-243 TG 46 0.523
   AT 35 0.398    TT 19 0.216
   GT 1 0.011    GG 23 0.261
31 84-85 TT 30 0.341 68 245-246 CT 68 0.773
   CT 23 0.261    CA 19 0.216
   TA 35 0.398    AT 1 0.011
32 87 A 87 0.989 69 248 T 2 0.023
   G 1 0.011    C 86 0.977
33 90 A 86 0.977 70 250-253 ACCA 10 0.114
   G 2 0.023    ACGC 64 0.727
34 92-94 ACT 52 0.591    AGCC 1 0.011
   GAG 36 0.409    GGAC 12 0.136
35 96 G 35 0.398    ACGG 1 0.011
   A 53 0.602 71 254-256 TGC 70 0.796
36 98-99 GA 42 0.477    TGG 12 0.136
   GT 11 0.125    GTT 6 0.068
   AT 35 0.398 72 256-258 TT 12 0.136
37 100 C 1 0.011    TC 63 0.716
   A 38 0.432    CC 2 0.023
   T 49 0.557    TG 11 0.125
38 101-102 CA 34 0.386      
   CG 16 0.182      
   GA 3 0.034      
   TG 31 0.352      
   TA 4 0.046