From: A comparison of statistical methods for genomic selection in a mice population
Splitting | Method | Trait | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
W6W | WGS | BL | %CD8+ | CD4+/CD8+ | ||
Within | POL | 0.099 | 0.114 | 0.123 | 0.138 | 0.145 |
emBayesB | 0.140 | 0.122 | 0.124 | 0.165 | 0.165 | |
RR_GBLUP | 0.103 | 0.114 | 0.123 | 0.147 | 0.136 | |
SS_BY | 0.112 | 0.122 | - | 0.158 | 0.144 | |
SS_ABS | 0.117 | 0.120 | 0.132 | 0.161 | 0.143 | |
RKHS | 0.098 | 0.112 | 0.122 | 0.127 | 0.131 | |
SVR | 0.099 | 0.112 | 0.123 | 0.128 | 0.130 | |
BayesCpi | 0.166 | 0.214 | 0.268 | 1.252 | 0.502 | |
BayesC | 0.534 | 0.877 | 0.251 | 1.035 | 1.080 | |
LASSO | 0.172 | 0.137 | 0.127 | 0.204 | 0.196 | |
RF | 0.102 | 0.112 | 0.123 | 0.124 | 0.119 | |
Across | POL | - | - | - | - | - |
emBayesB | 0.154 | 0.132 | 0.126 | 0.199 | 0.230 | |
RR_GBLUP | 0.128 | 0.121 | 0.125 | 0.184 | 0.170 | |
SS_BY | 0.141 | 0.126 | - | 0.193 | 0.175 | |
SS_ABS | 0.145 | 0.130 | 0.140 | 0.188 | 0.180 | |
RKHS | 0.122 | 0.119 | 0.124 | 0.152 | 0.152 | |
SVR | 0.122 | 0.119 | 0.125 | 0.155 | 0.153 | |
BayesCpi | 0.163 | 0.243 | 0.240 | 1.519 | 0.593 | |
BayesC | 0.637 | 0.747 | 0.275 | 0.896 | 1.091 | |
LASSO | 0.201 | 0.142 | 0.129 | 0.213 | 0.225 | |
RF | 0.119 | 0.119 | 0.124 | 0.144 | 0.130 |