Assessing the joint effect of population stratification and sample selection in studies of gene-gene (environment) interactions

Cheng, KF; Lee, JY

doi:10.1186/1471-2156-13-5

Table 1 Biases and the true type I errors of the chi-square tests when G^† = 5 and LD = (0,0)

From: Assessing the joint effect of population stratification and sample selection in studies of gene-gene (environment) interactions

			Bias (γ= 0)		type I error (γ= 0)		Bias (γ= 1)		type I error (γ= 1)
H ^†	D ^†	DS ^†	\|β* \|	\|δ* \|	α _β	α _δ	\|β* \|	\|δ* \|	α _β	α _δ
1	1	1	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500
		3	0.2365	0.0000	0.3815	0.0500	0.2365	0.0000	0.3412	0.0500
		5	0.2975	0.0000	0.5513	0.0500	0.2975	0.0000	0.4970	0.0500
		PM	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500
	3	1	0.3725	0.0000	0.7134	0.0500	0.3725	0.0000	0.6530	0.0500
		3	0.5953	0.0000	0.9823	0.0500	0.5953	0.0000	0.9661	0.0500
		5	0.6518	0.0000	0.9937	0.0500	0.6518	0.0000	0.9857	0.0500
		PM	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500
	5	1	0.5573	0.0000	0.9602	0.0500	0.5573	0.0000	0.9326	0.0500
		3	0.7679	0.0000	0.9993	0.0500	0.7679	0.0000	0.9977	0.0500
		5	0.8205	0.0000	0.9998	0.0500	0.8205	0.0000	0.9992	0.0500
		PM	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500
3	1	1	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500
		3	0.1916	0.1548	0.2583	0.0796	0.1916	0.1548	0.2232	0.0830
		5	0.2383	0.2157	0.3729	0.1074	0.2383	0.2157	0.3201	0.1139
		PM	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0660	0.0285	0.0688	0.0511
	3	1	0.3342	0.0762	0.5794	0.0572	0.3310	0.0796	0.4827	0.0584
		3	0.5134	0.2312	0.9209	0.1163	0.5071	0.2345	0.8439	0.1232
		5	0.5564	0.2892	0.9559	0.1538	0.5493	0.2918	0.8971	0.1632
		PM	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0930	0.0073	0.0812	0.0501
	5	1	0.5129	0.0683	0.8997	0.0557	0.5058	0.0776	0.8083	0.0577
		3	0.6812	0.2225	0.9918	0.1104	0.6687	0.2311	0.9657	0.1187
		5	0.7210	0.2779	0.9962	0.1442	0.7071	0.2852	0.9796	0.1546
		PM	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0957	0.0222	0.0799	0.0506
5	1	1	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500
		3	0.1608	0.2158	0.1912	0.1113	0.1608	0.2158	0.1639	0.1164
		5	0.1986	0.3042	0.2693	0.1720	0.1986	0.3042	0.2270	0.1816
		PM	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.0884	0.0532	0.0815	0.0541
	3	1	0.3005	0.1007	0.4697	0.0635	0.2951	0.1081	0.3676	0.0659
		3	0.4501	0.3178	0.8213	0.1855	0.4405	0.3252	0.6897	0.1942
		5	0.4848	0.4026	0.8762	0.2656	0.4741	0.4085	0.7551	0.2750
		PM	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.1325	0.0192	0.1063	0.0505
	5	1	0.4702	0.0892	0.8176	0.0605	0.4574	0.1089	0.6735	0.0655
		3	0.6101	0.3062	0.9661	0.1738	0.5901	0.3249	0.8820	0.1880
		5	0.6423	0.3875	0.9794	0.2470	0.6203	0.4034	0.9122	0.2609
		PM	0.0000	0.0000	0.0500	0.0500	0.1409	0.0474	0.1064	0.0529

PM means that perfect matching P^#(S = s|D = 1) = P^#(S = s|D = 0) is satisfied.

Back to article page

ISSN: 2730-6844

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com

BMC Genomic Data

Contact us