Skip to main content

Table 7 The mean, minimum and maximum of power estimates * of the test statistics for digenic, trigenic and quadrigenic disequilibria obtained for nine combinations of minor allele frequency (MAF) categories at each of the two loci (MAF A and MAF B ) for all syntenic (intra-chromosome) SNP pairs over 29 chromosomes and for all non-syntenic (inter-chromosome) SNP pairs over 406 [29(29-1)/2] chromosome pairs in the Kinsella composite beef population

From: Genome-wide analysis of zygotic linkage disequilibrium and its components in crossbred cattle

MAFA MAFB   Intra-chromosome Inter-chromosome
  X Δ AB 2 X D ABB 2 X D AAB 2 X Δ AABB 2 X ω AB 2 X Δ AB 2 X D ABB 2 X D AAB 2 X Δ AABB 2 X ω AB 2
  < 0.1 Mean 0.389 0.031 0.032 0.018 0.290 0.282 0.014 0.014 0.022 0.212
< 0.1 Min 0.342 0.016 0.008 0.013 0.251 0.243 0.002 0.004 0.017 0.183
  Max 0.444 0.049 0.084 0.024 0.328 0.317 0.037 0.052 0.027 0.241
  0.1-0.3 Mean 0.464 0.000 0.056 0.029 0.308 0.323 0.000 0.035 0.029 0.202
  Min 0.396 0.000 0.034 0.024 0.261 0.286 0.000 0.022 0.026 0.180
  Max 0.544 0.002 0.104 0.036 0.364 0.361 0.000 0.058 0.034 0.225
  0.3-0.5 Mean 0.477 0.000 0.187 0.051 0.136 0.323 0.000 0.183 0.041 0.094
  Min 0.420 0.000 0.157 0.039 0.120 0.286 0.000 0.154 0.034 0.086
  Max 0.565 0.000 0.216 0.072 0.160 0.361 0.000 0.219 0.049 0.104
  < 0.1 Mean 0.463 0.053 0.000 0.030 0.310 0.320 0.034 0.000 0.030 0.204
0.1-0.3 Min 0.403 0.042 0.000 0.025 0.271 0.283 0.022 0.000 0.025 0.181
  Max 0.514 0.077 0.001 0.035 0.356 0.354 0.057 0.000 0.034 0.232
  0.1-0.3 Mean 0.501 0.004 0.004 0.071 0.275 0.357 0.002 0.002 0.056 0.171
  Min 0.448 0.003 0.003 0.065 0.236 0.336 0.001 0.001 0.053 0.161
  Max 0.544 0.006 0.008 0.085 0.318 0.377 0.003 0.003 0.059 0.188
  0.3-0.5 Mean 0.505 0.003 0.201 0.090 0.127 0.363 0.002 0.194 0.062 0.086
  Min 0.464 0.002 0.182 0.082 0.117 0.340 0.002 0.168 0.060 0.081
  Max 0.552 0.004 0.221 0.108 0.139 0.389 0.003 0.222 0.065 0.091
  < 0.1 Mean 0.476 0.188 0.000 0.051 0.137 0.326 0.182 0.000 0.042 0.095
0.3-0.5 Min 0.424 0.158 0.000 0.042 0.125 0.288 0.152 0.000 0.034 0.083
  Max 0.537 0.209 0.000 0.062 0.150 0.365 0.215 0.000 0.049 0.105
  0.1-0.3 Mean 0.506 0.201 0.003 0.090 0.128 0.365 0.194 0.002 0.062 0.086
  Min 0.460 0.170 0.002 0.080 0.116 0.347 0.170 0.002 0.059 0.081
  Max 0.548 0.223 0.005 0.101 0.140 0.388 0.221 0.004 0.065 0.092
  0.3-0.5 Mean 0.512 0.200 0.199 0.095 0.101 0.373 0.193 0.193 0.063 0.067
  Min 0.479 0.158 0.178 0.083 0.089 0.350 0.167 0.167 0.061 0.065
  Max 0.559 0.226 0.220 0.107 0.113 0.397 0.220 0.221 0.066 0.071
  1. * Proportion of marker pairs that X2 exceeded 3.84, the 5% critical value of χ ( 1 ) 2 .