Skip to main content

Table 7 The mean, minimum and maximum of power estimates * of the test statistics for digenic, trigenic and quadrigenic disequilibria obtained for nine combinations of minor allele frequency (MAF) categories at each of the two loci (MAF A and MAF B ) for all syntenic (intra-chromosome) SNP pairs over 29 chromosomes and for all non-syntenic (inter-chromosome) SNP pairs over 406 [29(29-1)/2] chromosome pairs in the Kinsella composite beef population

From: Genome-wide analysis of zygotic linkage disequilibrium and its components in crossbred cattle

MAFA

MAFB

 

Intra-chromosome

Inter-chromosome

 

X Δ AB 2

X D ABB 2

X D AAB 2

X Δ AABB 2

X ω AB 2

X Δ AB 2

X D ABB 2

X D AAB 2

X Δ AABB 2

X ω AB 2

 

< 0.1

Mean

0.389

0.031

0.032

0.018

0.290

0.282

0.014

0.014

0.022

0.212

< 0.1

Min

0.342

0.016

0.008

0.013

0.251

0.243

0.002

0.004

0.017

0.183

 

Max

0.444

0.049

0.084

0.024

0.328

0.317

0.037

0.052

0.027

0.241

 

0.1-0.3

Mean

0.464

0.000

0.056

0.029

0.308

0.323

0.000

0.035

0.029

0.202

 

Min

0.396

0.000

0.034

0.024

0.261

0.286

0.000

0.022

0.026

0.180

 

Max

0.544

0.002

0.104

0.036

0.364

0.361

0.000

0.058

0.034

0.225

 

0.3-0.5

Mean

0.477

0.000

0.187

0.051

0.136

0.323

0.000

0.183

0.041

0.094

 

Min

0.420

0.000

0.157

0.039

0.120

0.286

0.000

0.154

0.034

0.086

 

Max

0.565

0.000

0.216

0.072

0.160

0.361

0.000

0.219

0.049

0.104

 

< 0.1

Mean

0.463

0.053

0.000

0.030

0.310

0.320

0.034

0.000

0.030

0.204

0.1-0.3

Min

0.403

0.042

0.000

0.025

0.271

0.283

0.022

0.000

0.025

0.181

 

Max

0.514

0.077

0.001

0.035

0.356

0.354

0.057

0.000

0.034

0.232

 

0.1-0.3

Mean

0.501

0.004

0.004

0.071

0.275

0.357

0.002

0.002

0.056

0.171

 

Min

0.448

0.003

0.003

0.065

0.236

0.336

0.001

0.001

0.053

0.161

 

Max

0.544

0.006

0.008

0.085

0.318

0.377

0.003

0.003

0.059

0.188

 

0.3-0.5

Mean

0.505

0.003

0.201

0.090

0.127

0.363

0.002

0.194

0.062

0.086

 

Min

0.464

0.002

0.182

0.082

0.117

0.340

0.002

0.168

0.060

0.081

 

Max

0.552

0.004

0.221

0.108

0.139

0.389

0.003

0.222

0.065

0.091

 

< 0.1

Mean

0.476

0.188

0.000

0.051

0.137

0.326

0.182

0.000

0.042

0.095

0.3-0.5

Min

0.424

0.158

0.000

0.042

0.125

0.288

0.152

0.000

0.034

0.083

 

Max

0.537

0.209

0.000

0.062

0.150

0.365

0.215

0.000

0.049

0.105

 

0.1-0.3

Mean

0.506

0.201

0.003

0.090

0.128

0.365

0.194

0.002

0.062

0.086

 

Min

0.460

0.170

0.002

0.080

0.116

0.347

0.170

0.002

0.059

0.081

 

Max

0.548

0.223

0.005

0.101

0.140

0.388

0.221

0.004

0.065

0.092

 

0.3-0.5

Mean

0.512

0.200

0.199

0.095

0.101

0.373

0.193

0.193

0.063

0.067

 

Min

0.479

0.158

0.178

0.083

0.089

0.350

0.167

0.167

0.061

0.065

 

Max

0.559

0.226

0.220

0.107

0.113

0.397

0.220

0.221

0.066

0.071

  1. * Proportion of marker pairs that X2 exceeded 3.84, the 5% critical value of χ ( 1 ) 2 .