Skip to main content

Advertisement

Table 1 Average linkage disequilibrium (LD) in different autosomal chromosomes for SNPs at various distances

From: Genome-wide and local pattern of linkage disequilibrium and persistence of phase for 3 Danish pig breeds

  Duroc Landrace Yorkshire
Distance 0.5 Mb 1 Mb 5 Mb 0.5 Mb 1 Mb 5 Mb 0.5 Mb 1 Mb 5 Mb
Chromsome          
1 0.40 0.33 0.14 0.35 0.30 0.14 0.41 0.36 0.17
2 0.41 0.31 0.11 0.30 0.24 0.10 0.35 0.29 0.15
3 0.32 0.25 0.07 0.31 0.22 0.08 0.27 0.22 0.09
4 0.30 0.22 0.08 0.32 0.24 0.09 0.31 0.24 0.07
5 0.28 0.21 0.05 0.24 0.18 0.06 0.28 0.21 0.07
6 0.39 0.30 0.12 0.35 0.27 0.10 0.32 0.26 0.11
7 0.38 0.29 0.09 0.30 0.24 0.07 0.26 0.19 0.07
8 0.38 0.28 0.11 0.29 0.23 0.10 0.34 0.25 0.10
9 0.34 0.26 0.09 0.31 0.23 0.09 0.31 0.26 0.10
10 0.28 0.18 0.04 0.25 0.18 0.04 0.26 0.18 0.04
11 0.26 0.17 0.08 0.26 0.17 0.05 0.23 0.16 0.06
12 0.27 0.19 0.05 0.24 0.18 0.06 0.24 0.16 0.04
13 0.37 0.31 0.11 0.34 0.28 0.15 0.41 0.34 0.16
14 0.39 0.33 0.13 0.41 0.34 0.19 0.35 0.29 0.12
15 0.34 0.27 0.09 0.28 0.22 0.10 0.28 0.21 0.07
16 0.32 0.26 0.07 0.38 0.32 0.13 0.30 0.24 0.08
17 0.31 0.22 0.05 0.33 0.26 0.06 0.27 0.19 0.05
18 0.36 0.23 0.06 0.26 0.21 0.08 0.25 0.15 0.06
All 0.35 0.27 0.09 0.32 0.25 0.10 0.32 0.25 0.10