BMC Genomic Data

Table 1 Average linkage disequilibrium (LD) in different autosomal chromosomes for SNPs at various distances

From: Genome-wide and local pattern of linkage disequilibrium and persistence of phase for 3 Danish pig breeds

	Duroc			Landrace			Yorkshire
Distance	0.5 Mb	1 Mb	5 Mb	0.5 Mb	1 Mb	5 Mb	0.5 Mb	1 Mb	5 Mb
Chromsome
1	0.40	0.33	0.14	0.35	0.30	0.14	0.41	0.36	0.17
2	0.41	0.31	0.11	0.30	0.24	0.10	0.35	0.29	0.15
3	0.32	0.25	0.07	0.31	0.22	0.08	0.27	0.22	0.09
4	0.30	0.22	0.08	0.32	0.24	0.09	0.31	0.24	0.07
5	0.28	0.21	0.05	0.24	0.18	0.06	0.28	0.21	0.07
6	0.39	0.30	0.12	0.35	0.27	0.10	0.32	0.26	0.11
7	0.38	0.29	0.09	0.30	0.24	0.07	0.26	0.19	0.07
8	0.38	0.28	0.11	0.29	0.23	0.10	0.34	0.25	0.10
9	0.34	0.26	0.09	0.31	0.23	0.09	0.31	0.26	0.10
10	0.28	0.18	0.04	0.25	0.18	0.04	0.26	0.18	0.04
11	0.26	0.17	0.08	0.26	0.17	0.05	0.23	0.16	0.06
12	0.27	0.19	0.05	0.24	0.18	0.06	0.24	0.16	0.04
13	0.37	0.31	0.11	0.34	0.28	0.15	0.41	0.34	0.16
14	0.39	0.33	0.13	0.41	0.34	0.19	0.35	0.29	0.12
15	0.34	0.27	0.09	0.28	0.22	0.10	0.28	0.21	0.07
16	0.32	0.26	0.07	0.38	0.32	0.13	0.30	0.24	0.08
17	0.31	0.22	0.05	0.33	0.26	0.06	0.27	0.19	0.05
18	0.36	0.23	0.06	0.26	0.21	0.08	0.25	0.15	0.06
All	0.35	0.27	0.09	0.32	0.25	0.10	0.32	0.25	0.10

Back to article page

ISSN: 2730-6844

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com