Skip to main content

Table 7 Physical mapping of candidate genes

From: Development of SNP markers for genes of the phenylpropanoid pathway and their association to kernel and malting traits in barley

Gene fragment Best blastN hits Chromosome Score E value
PAL_1 morex_contig_46437 2HL 1061 0.0
  morex_contig_40780 2HL 841 0.0
  morex_contig_8668 2HL 810 0.0
  morex_contig_103333 2HS 673 0.0
  morex_contig_52512 6HL 664 0.0
  morex_contig_135397 6HL 598 8e-169
  morex_contig_49473 6HL 554 9e-156
  morex_contig_1944918 2HS 533 3e-149
  morex_contig_244188 1H 452 8e-125
  morex_contig_138406 3HS 370 2e-100
  morex_contig_2558942 1H 172 1e-40
PAL_2 morex_contig_46437 2HL 1050 0.0
  morex_contig_8668 2HL 848 0.0
  morex_contig_103333 2HS 722 0.0
  morex_contig_52512 6HL 717 0.0
  morex_contig_135397 6HL 645 0.0
  morex_contig_49473 6HL 587 2e-165
  morex_contig_2558942 1H 513 3e-143
  morex_contig_138406 3HS 497 2e-138
  morex_contig_281235 2HL 468 1e-129
  morex_contig_40780 2HL 410 2e-112
  morex_contig_1586542 2HS 370 2e-100
  morex_contig_1944918 2HS 288 2e-75
  morex_contig_244188 1H 170 4e-40
C4H_1 morex_contig_135422 3HL 877 0.0
C4H_4 morex_contig_135422 3HL 1178 0.0
  morex_contig_57093 7HL 416 6e-114
  morex_contig_54181 3HS 361 1e-97
  morex_contig_1569145 1H 333 6e-89
CHS_1 morex_contig_127876 1H 455 3e-126
  morex_contig_45546 1H 300 1e-79
  morex_contig_140601 2HS 181 8e-44
  morex_contig_65180 2HL 172 4e-41
  morex_contig_48619 2HS 165 6e-39
  morex_contig_359532 1H 154 1e-35
CHS_2 morex_contig_127876 1H 457 7e-127
  morex_contig_45546 1H 277 1e-72
  morex_contig_359532 1H 242 3e-62
  morex_contig_65180 2HL 141 7e-32
  morex_contig_48619 2HS 141 7e-32
  morex_contig_140601 2HS 136 3e-30
CHS_GM290 morex_contig_127876 1H 1150 0.0
  morex_contig_45546 1H 798 0.0
  morex_contig_65180 2HL 605 6e-171
  morex_contig_140601 2HS 578 8e-163
  morex_contig_48619 2HS 533 3e-149
  morex_contig_38618 1H 178 3e-42
  morex_contig_359532 1H 138 2e-30
  morex_contig_37159 6HL 120 7e-25
CHS_GM293 morex_contig_45546 1H 839 0.0
  morex_contig_127876 1H 605 4e-171
  morex_contig_65180 2HL 488 9e-136
  morex_contig_140601 2HS 452 6e-125
  morex_contig_48619 2HS 412 5e-113
  morex_contig_359532 1H 217 2e-54
  morex_contig_96161 - 156 7e-36
  morex_contig_37159 6HL 150 3e-34
  morex_contig_38618 1H 143 4e-32
CHS_GM287 bowman_contig_128263 6HL 571 6e-161
  morex_contig_96161 - 571 6e-161
  morex_contig_42645 4HS 188 7e-46
F3H_1 morex_contig_48553 2HL 495 1e-137
  morex_contig_52807 1H 421 2e-115
  morex_contig_48831 2HL 408 1e-111
  morex_contig_367028 4HL 365 1e-98
  morex_contig_47538 7HS 361 1e-97
  morex_contig_1562556 7HL 318 2e-84
F3H_GM022 morex_contig_48553 2HL 931 0.0
DFR_1 morex_contig_50663 3HL 874 0.0
  morex_contig_90563 6HL 352 5e-95
  morex_contig_77596 6HL 320 3e-85
DFR_4 morex_contig_50663 3HL 1442 0.0
  morex_contig_90563 6HL 875 0.0
  morex_contig_77596 6HL 830 0.0
  1. Blast N was used to anchor the genomic PCR fragments onto the sequence of barley.