TY - JOUR AU - Hendel, H. AU - Caillat-Zucman, S. AU - Lebuanec, H. AU - Carrington, M. AU - O'Brien, S. AU - Andrieu, J. M. AU - Schachter, F. AU - Zagury, D. AU - Rappaport, J. AU - Winkler, C. AU - Nelson, G. W. AU - Zagury, J. F. PY - 1999 DA - 1999// TI - New class I and II HLA alleles strongly associated with opposite patterns of progression to AIDS JO - J Immunol VL - 162 ID - Hendel1999 ER - TY - JOUR AU - Vasilescu, A. AU - Heath, S. C. AU - Ivanova, R. AU - Hendel, H. AU - Do, H. AU - Mazoyer, A. AU - Khadivpour, E. AU - Goutalier, F. X. AU - Khalili, K. AU - Rappaport, J. AU - Lathrop, G. M. AU - Matsuda, F. AU - Zagury, J. F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genomic analysis of Th1-Th2 cytokine genes in an AIDS cohort: identification of IL4 and IL10 haplotypes associated with the disease progression JO - Genes Immun VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/sj.gene.6363983 DO - 10.1038/sj.gene.6363983 ID - Vasilescu2003 ER - TY - JOUR AU - Winkler, C. A. AU - Hendel, H. AU - Carrington, M. AU - Smith, M. W. AU - Nelson, G. W. AU - O'Brien S, J. AU - Phair, J. AU - Vlahov, D. AU - Jacobson, L. P. AU - Rappaport, J. AU - Vasilescu, A. AU - Bertin-Maghit, S. AU - An, P. AU - Lu, W. AU - Andrieu, J. M. AU - Schachter, F. AU - Therwath, A. AU - Zagury, J. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Dominant effects of CCR2-CCR5 haplotypes in HIV-1 disease progression JO - J Acquir Immune Defic Syndr VL - 37 UR - https://doi.org/10.1097/01.qai.0000127353.01578.63 DO - 10.1097/01.qai.0000127353.01578.63 ID - Winkler2004 ER - TY - JOUR AU - Flores-Villanueva, P. O. AU - Hendel, H. AU - Caillat-Zucman, S. AU - Rappaport, J. AU - Burgos-Tiburcio, A. AU - Bertin-Maghit, S. AU - Ruiz-Morales, J. A. AU - Teran, M. E. AU - Rodriguez-Tafur, J. AU - Zagury, J. F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Associations of MHC ancestral haplotypes with resistance/susceptibility to AIDS disease development JO - J Immunol VL - 170 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.170.4.1925 DO - 10.4049/jimmunol.170.4.1925 ID - Flores-Villanueva2003 ER - TY - JOUR AU - Wagner, K. AU - Hemminki, K. AU - Israelsson, E. AU - Grzybowska, E. AU - Klaes, R. AU - Chen, B. AU - Butkiewicz, D. AU - Pamula, J. AU - Pekala, W. AU - Forsti, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Association of polymorphisms and haplotypes in the human growth hormone 1 (GH1) gene with breast cancer JO - Endocr Relat Cancer VL - 12 UR - https://doi.org/10.1677/erc.1.01073 DO - 10.1677/erc.1.01073 ID - Wagner2005 ER - TY - JOUR AU - Bonilla, C. AU - Mason, T. AU - Long, L. AU - Ahaghotu, C. AU - Chen, W. AU - Zhao, A. AU - Coulibaly, A. AU - Bennett, F. AU - Aiken, W. AU - Tullock, T. AU - Coard, K. AU - Freeman, V. AU - Kittles, R. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - E-cadherin polymorphisms and haplotypes influence risk for prostate cancer JO - Prostate VL - 66 UR - https://doi.org/10.1002/pros.20374 DO - 10.1002/pros.20374 ID - Bonilla2006 ER - TY - JOUR AU - Sweeney, C. AU - Curtin, K. AU - Murtaugh, M. A. AU - Caan, B. J. AU - Potter, J. D. AU - Slattery, M. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Haplotype analysis of common vitamin d receptor variants and colon and rectal cancers JO - Cancer Epidemiol Biomarkers Prev VL - 15 UR - https://doi.org/10.1158/1055-9965.EPI-05-0814 DO - 10.1158/1055-9965.EPI-05-0814 ID - Sweeney2006 ER - TY - JOUR AU - Saleheen, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Haplotype analysis in VEGF gene and increased risk of Alzheimer's disease JO - Ann Neurol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1002/ana.20582 DO - 10.1002/ana.20582 ID - Saleheen2005 ER - TY - JOUR AU - Zhang, K. AU - Zhu, J. AU - Shendure, J. AU - Porreca, G. J. AU - Aach, J. D. AU - Mitra, R. D. AU - Church, G. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Long-range polony haplotyping of individual human chromosome molecules JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1741 DO - 10.1038/ng1741 ID - Zhang2006 ER - TY - JOUR AU - Ding, C. AU - Cantor, C. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - Direct molecular haplotyping of long-range genomic DNA with M1-PCR JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1232475100 DO - 10.1073/pnas.1232475100 ID - Ding2003 ER - TY - JOUR AU - Burgtorf, C. AU - Kepper, P. AU - Hoehe, M. AU - Schmitt, C. AU - Reinhardt, R. AU - Lehrach, H. AU - Sauer, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Clone-based systematic haplotyping (CSH): a procedure for physical haplotyping of whole genomes JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1442303 DO - 10.1101/gr.1442303 ID - Burgtorf2003 ER - TY - JOUR AU - Niu, T. AU - Qin, Z. S. AU - Xu, X. AU - Liu, J. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Bayesian haplotype inference for multiple linked single-nucleotide polymorphisms JO - Am J Hum Genet VL - 70 UR - https://doi.org/10.1086/338446 DO - 10.1086/338446 ID - Niu2002 ER - TY - JOUR AU - Stephens, M. AU - Donnelly, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparison of bayesian methods for haplotype reconstruction from population genotype data JO - Am J Hum Genet VL - 73 UR - https://doi.org/10.1086/379378 DO - 10.1086/379378 ID - Stephens2003 ER - TY - JOUR AU - Gabriel, S. B. AU - Schaffner, S. F. AU - Nguyen, H. AU - Moore, J. M. AU - Roy, J. AU - Blumenstiel, B. AU - Higgins, J. AU - DeFelice, M. AU - Lochner, A. AU - Faggart, M. AU - Liu-Cordero, S. N. AU - Rotimi, C. AU - Adeyemo, A. AU - Cooper, R. AU - Ward, R. AU - Lander, E. S. AU - Daly, M. J. AU - Altshuler, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - The structure of haplotype blocks in the human genome JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1069424 DO - 10.1126/science.1069424 ID - Gabriel2002 ER - TY - JOUR AU - Stumpf, M. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Haplotype diversity and the block structure of linkage disequilibrium JO - Trends Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(02)02641-0 DO - 10.1016/S0168-9525(02)02641-0 ID - Stumpf2002 ER - TY - JOUR AU - Adkins, R. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comparison of the accuracy of methods of computational haplotype inference using a large empirical dataset JO - BMC Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2156-5-22 DO - 10.1186/1471-2156-5-22 ID - Adkins2004 ER - TY - JOUR AU - Niu, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Algorithms for inferring haplotypes JO - Genet Epidemiol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/gepi.20024 DO - 10.1002/gepi.20024 ID - Niu2004 ER - TY - JOUR AU - Sabbagh, A. AU - Darlu, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Inferring haplotypes at the NAT2 locus: the computational approach JO - BMC Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2156-6-30 DO - 10.1186/1471-2156-6-30 ID - Sabbagh2005 ER - TY - JOUR AU - Stephens, M. AU - Smith, N. J. AU - Donnelly, P. PY - 2001 DA - 2001// TI - A new statistical method for haplotype reconstruction from population data JO - Am J Hum Genet VL - 68 UR - https://doi.org/10.1086/319501 DO - 10.1086/319501 ID - Stephens2001 ER - TY - JOUR AU - Marchini, J. AU - Cutler, D. AU - Patterson, N. AU - Stephens, M. AU - Eskin, E. AU - Halperin, E. AU - Lin, S. AU - Qin, Z. S. AU - Munro, H. M. AU - Abecasis, G. R. AU - Donnelly, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - A comparison of phasing algorithms for trios and unrelated individuals JO - Am J Hum Genet VL - 78 UR - https://doi.org/10.1086/500808 DO - 10.1086/500808 ID - Marchini2006 ER - TY - JOUR AU - Diop, G. AU - Spadoni, J. L. AU - Do, H. AU - Hirtzig, T. AU - Coulonges, C. AU - Labib, T. AU - Issing, W. AU - Rappaport, J. AU - Therwath, A. AU - Lathrop, M. AU - Matsuda, F. AU - Zagury, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genomic approach of AIDS pathogenesis: exhaustive genotyping of the TNFR1 gene in a French AIDS cohort JO - Biomed Pharmacother VL - 59 UR - https://doi.org/10.1016/j.biopha.2005.07.011 DO - 10.1016/j.biopha.2005.07.011 ID - Diop2005 ER - TY - JOUR AU - Do, H. AU - Vasilescu, A. AU - Diop, G. AU - Hirtzig, T. AU - Coulonges, C. AU - Labib, T. AU - Heath, S. C. AU - Spadoni, J. L. AU - Therwath, A. AU - Lathrop, M. AU - Matsuda, F. AU - Zagury, J. F. PY - 2006 DA - 2006// TI - Associations of the IL2Ralpha, IL4Ralpha, IL10Ralpha, and IFN (gamma) R1 cytokine receptor genes with AIDS progression in a French AIDS cohort JO - Immunogenetics VL - 58 UR - https://doi.org/10.1007/s00251-005-0072-3 DO - 10.1007/s00251-005-0072-3 ID - Do2006 ER - TY - JOUR AU - Burkett, K. M. AU - Ghadessi, M. AU - McNeney, B. AU - Graham, J. AU - Daley, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - A comparison of five methods for selecting tagging single-nucleotide polymorphisms JO - BMC Genet VL - 6 Suppl 1 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2156-6-S1-S71 DO - 10.1186/1471-2156-6-S1-S71 ID - Burkett2005 ER - TY - JOUR AU - Carlson, C. S. AU - Eberle, M. A. AU - Rieder, M. J. AU - Yi, Q. AU - Kruglyak, L. AU - Nickerson, D. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Selecting a maximally informative set of single-nucleotide polymorphisms for association analyses using linkage disequilibrium JO - Am J Hum Genet VL - 74 UR - https://doi.org/10.1086/381000 DO - 10.1086/381000 ID - Carlson2004 ER - TY - JOUR AU - Carlson, C. S. AU - Heagerty, P. J. AU - Hatsukami, T. S. AU - Richter, R. J. AU - Ranchalis, J. AU - Lewis, J. AU - Bacus, T. J. AU - McKinstry, L. A. AU - Schellenberg, G. D. AU - Rieder, M. AU - Nickerson, D. AU - Furlong, C. E. AU - Chait, A. AU - Jarvik, G. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - TagSNP analyses of the PON gene cluster: effects on PON1 activity, LDL oxidative susceptibility, and vascular disease JO - J Lipid Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1194/jlr.M500517-JLR200 DO - 10.1194/jlr.M500517-JLR200 ID - Carlson2006 ER - TY - JOUR AU - Howie, B. N. AU - Carlson, C. S. AU - Rieder, M. J. AU - Nickerson, D. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Efficient selection of tagging single-nucleotide polymorphisms in multiple populations JO - Hum Genet VL - 120 UR - https://doi.org/10.1007/s00439-006-0182-5 DO - 10.1007/s00439-006-0182-5 ID - Howie2006 ER - TY - JOUR AU - Xu, C. F. AU - Lewis, K. AU - Cantone, K. L. AU - Khan, P. AU - Donnelly, C. AU - White, N. AU - Crocker, N. AU - Boyd, P. R. AU - Zaykin, D. V. AU - Purvis, I. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - Effectiveness of computational methods in haplotype prediction JO - Hum Genet VL - 110 UR - https://doi.org/10.1007/s00439-001-0656-4 DO - 10.1007/s00439-001-0656-4 ID - Xu2002 ER - TY - CHAP AU - Cheong, H. S. AU - Shin, H. D. AU - Lee, S. O. AU - Park, B. L. AU - Choi, Y. H. AU - Lim, G. I. AU - Uh, S. T. AU - Kim, Y. H. AU - Lee, J. Y. AU - Lee, J. K. AU - Kim, H. T. AU - Ryu, H. J. AU - Kim, K. K. AU - Han, B. G. AU - Kim, J. W. AU - Kimm, K. AU - Oh, B. AU - Park, C. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Polymorphisms in interleukin 8 and its receptors (IL8, IL8RA and IL8RB) and association of common IL8 receptor variants with peripheral blood eosinophil counts BT - J Hum Genet ID - Cheong2006 ER - TY - JOUR AU - Nunez, C. AU - Alecsandru, D. AU - Varade, J. AU - Polanco, I. AU - Maluenda, C. AU - Fernandez-Arquero, M. AU - de la Concha, E. G. AU - Urcelay, E. AU - Martinez, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Interleukin-10 haplotypes in Celiac Disease in the Spanish population JO - BMC Med Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2350-7-32 DO - 10.1186/1471-2350-7-32 ID - Nunez2006 ER - TY - JOUR AU - Tregouet, D. A. AU - Barbaux, S. AU - Escolano, S. AU - Tahri, N. AU - Golmard, J. L. AU - Tiret, L. AU - Cambien, F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Specific haplotypes of the P-selectin gene are associated with myocardial infarction JO - Hum Mol Genet VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/11.17.2015 DO - 10.1093/hmg/11.17.2015 ID - Tregouet2002 ER - TY - JOUR AU - Cousin, E. AU - Deleuze, J. F. AU - Genin, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Selection of SNP subsets for association studies in candidate genes: comparison of the power of different strategies to detect single disease susceptibility locus effects JO - BMC Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2156-7-20 DO - 10.1186/1471-2156-7-20 ID - Cousin2006 ER - TY - JOUR AU - Stram, D. O. PY - 2004 DA - 2004// TI - Tag SNP selection for association studies JO - Genet Epidemiol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/gepi.20028 DO - 10.1002/gepi.20028 ID - Stram2004 ER - TY - JOUR AU - Orzack, S. H. AU - Gusfield, D. AU - Olson, J. AU - Nesbitt, S. AU - Subrahmanyan, L. AU - Stanton, V. P. J. PY - 2003 DA - 2003// TI - Analysis and exploration of the use of rule-based algorithms and consensus methods for the inferral of haplotypes JO - Genetics VL - 165 ID - Orzack2003 ER - TY - JOUR AU - Horan, M. AU - Millar, D. S. AU - Hedderich, J. AU - Lewis, G. AU - Newsway, V. AU - Mo, N. AU - Fryklund, L. AU - Procter, A. M. AU - Krawczak, M. AU - Cooper, D. N. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human growth hormone 1 (GH1) gene expression: complex haplotype-dependent influence of polymorphic variation in the proximal promoter and locus control region JO - Hum Mutat VL - 21 UR - https://doi.org/10.1002/humu.10167 DO - 10.1002/humu.10167 ID - Horan2003 ER - TY - JOUR AU - Schaffner, S. F. AU - Foo, C. AU - Gabriel, S. AU - Reich, D. AU - Daly, M. J. AU - Altshuler, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Calibrating a coalescent simulation of human genome sequence variation JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3709305 DO - 10.1101/gr.3709305 ID - Schaffner2005 ER - TY - JOUR AU - Xu, H. AU - Wu, X. AU - Spitz, M. R. AU - Shete, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comparison of haplotype inference methods using genotypic data from unrelated individuals JO - Hum Hered VL - 58 UR - https://doi.org/10.1159/000083026 DO - 10.1159/000083026 ID - Xu2004 ER - TY - JOUR AU - Excoffier, L. AU - Slatkin, M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Maximum-likelihood estimation of molecular haplotype frequencies in a diploid population JO - Mol Biol Evol VL - 12 ID - Excoffier1995 ER - TY - JOUR AU - Hendel, H. AU - Cho, Y. Y. AU - Gauthier, N. AU - Rappaport, J. AU - Schachter, F. AU - Zagury, J. F. PY - 1996 DA - 1996// TI - Contribution of cohort studies in understanding HIV pathogenesis: introduction of the GRIV cohort and preliminary results JO - Biomed Pharmacother VL - 50 UR - https://doi.org/10.1016/S0753-3322(97)89278-5 DO - 10.1016/S0753-3322(97)89278-5 ID - Hendel1996 ER - TY - JOUR AU - Li, J. AU - Jiang, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Computing the minimum recombinant haplotype configuration from incomplete genotype data on a pedigree by integer linear programming JO - J Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2005.12.719 DO - 10.1089/cmb.2005.12.719 ID - Li2005 ER - TY - JOUR AU - Su, S. C. AU - Kuo, C. C. AU - Chen, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Inference of missing SNPs and information quantity measurements for haplotype blocks JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti261 DO - 10.1093/bioinformatics/bti261 ID - Su2005 ER - TY - JOUR AU - Padilla, M. A. AU - Algina, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Type I Error Rates For A One Factor Within-Subjects Design With Missing Values JO - J Mod Appl Stat Methods VL - 3 ID - Padilla2004 ER - TY - CHAP AU - Coulonges, C. AU - Delaneau, O. PY - 2006 DA - 2006// BT - Subhap [http://www.griv.org/software/] ID - Coulonges2006 ER - TY - JOUR AU - Inbar, E. AU - Yakir, B. AU - Darvasi, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - An efficient haplotyping method with DNA pools JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnf075 DO - 10.1093/nar/gnf075 ID - Inbar2002 ER - TY - JOUR AU - Salem, R. M. AU - Wessel, J. AU - Schork, N. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - A comprehensive literature review of haplotyping software and methods for use with unrelated individuals JO - Hum Genomics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1479-7364-2-1-39 DO - 10.1186/1479-7364-2-1-39 ID - Salem2005 ER -