TY - JOUR AU - Farnir, F. AU - Coppieters, W. AU - Arranz, J. J. AU - Berzi, P. AU - Cambisano, N. AU - Grisart, B. AU - Karim, L. AU - Marcq, F. AU - Moreau, L. AU - Mni, M. AU - Nezer, C. AU - Simon, P. AU - Vanmanshoven, P. AU - Wagenaar, D. AU - Georges, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Extensive genome-wide linkage disequilibrium in cattle JO - Genome Res VL - 10 UR - https://doi.org/10.1101/gr.10.2.220 DO - 10.1101/gr.10.2.220 ID - Farnir2000 ER - TY - JOUR AU - Vallejo, R. L. AU - Li, Y. L. AU - Rogers, G. W. AU - Ashwell, M. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genetic diversity and background linkage disequilibrium in the North American Holstein cattle population JO - J Dairy Sci VL - 86 UR - https://doi.org/10.3168/jds.S0022-0302(03)74028-4 DO - 10.3168/jds.S0022-0302(03)74028-4 ID - Vallejo2003 ER - TY - JOUR AU - Tenesa, A. AU - Knott, S. A. AU - Ward, D. AU - Smith, D. AU - Williams, J. L. AU - Visscher, P. M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Estimation of linkage disequilibrium in a sample of the United Kingdom dairy cattle population using unphased genotypes JO - J Anim Sci VL - 81 ID - Tenesa2003 ER - TY - JOUR AU - Khatkar, M. S. AU - Collins, A. AU - Cavanagh, J. A. AU - Hawken, R. J. AU - Hobbs, M. AU - Zenger, K. R. AU - Barris, W. AU - McClintock, A. E. AU - Thomson, P. C. AU - Nicholas, F. W. AU - Raadsma, H. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - A first-generation metric linkage disequilibrium map of bovine chromosome 6 JO - Genetics VL - 174 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.106.060418 DO - 10.1534/genetics.106.060418 ID - Khatkar2006 ER - TY - JOUR AU - Varilo, T. AU - Paunio, T. AU - Parker, A. AU - Perola, M. AU - Meyer, J. AU - Terwilliger, J. D. AU - Peltonen, L. PY - 2003 DA - 2003// TI - The interval of linkage disequilibrium (LD) detected with microsatellite and SNP markers in chromosomes of Finnish populations with different histories JO - Hum Mol Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddg005 DO - 10.1093/hmg/ddg005 ID - Varilo2003 ER - TY - JOUR AU - Odani, M. AU - Narita, A. AU - Watanabe, T. AU - Yokouchi, K. AU - Sugimoto, Y. AU - Fujita, T. AU - Oguni, T. AU - Matsumoto, M. AU - Sasaki, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide linkage disequilibrium in two Japanese beef cattle breeds JO - Anim Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2005.01400.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2005.01400.x ID - Odani2006 ER - TY - JOUR AU - Vignal, A. AU - Milan, D. AU - SanCristobal, M. AU - Eggen, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics JO - Genet Sel Evol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1186/1297-9686-34-3-275 DO - 10.1186/1297-9686-34-3-275 ID - Vignal2002 ER - TY - JOUR AU - Thallman, R. M. AU - Bennett, G. L. AU - Keele, J. W. AU - Kappes, S. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Efficient computation of genotype probabilities for loci with many alleles: I. Allelic peeling JO - J Anim Sci VL - 79 ID - Thallman2001 ER - TY - JOUR AU - Thallman, R. M. AU - Bennett, G. L. AU - Keele, J. W. AU - Kappes, S. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Efficient computation of genotype probabilities for loci with many alleles: II. Iterative method for large, complex pedigrees JO - J Anim Sci VL - 79 ID - Thallman2001 ER - TY - JOUR AU - McKay, S. D. AU - Schnabel, R. D. AU - Murdoch, B. M. AU - Aerts, J. AU - Gill, C. A. AU - Gao, C. AU - Li, C. AU - Matukumalli, L. K. AU - Stothard, P. AU - Wang, Z. AU - Van Tassell, C. P. AU - Williams, J. L. AU - Taylor, J. F. AU - Moore, S. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Construction of bovine whole-genome radiation hybrid and linkage maps using high-throughput genotyping JO - Anim Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2006.01564.x DO - 10.1111/j.1365-2052.2006.01564.x ID - McKay2007 ER - TY - STD TI - Baylor College of Medicine- Bovine Genome Project Website: http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/projects/bovine/. ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Schaeffer, S. W. AU - Miller, E. L. PY - 1993 DA - 1993// TI - Estimates of linkage disequilibrium and the recombination parameter determined from segregating nucleotide sites in the alcohol dehydrogenase region of Drosophila pseudoobscura JO - Genetics VL - 135 ID - Schaeffer1993 ER - TY - JOUR AU - Du, F. X. AU - Clutter, A. C. AU - Lohuis, M. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Characterizing linkage disequilibrium in pig populations JO - Int J Biol Sci VL - 3 UR - https://doi.org/10.7150/ijbs.3.166 DO - 10.7150/ijbs.3.166 ID - Du2007 ER - TY - JOUR AU - Lindblad-Toh, K. AU - Wade, C. M. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Karlsson, E. K. AU - Jaffe, D. B. AU - Kamal, M. AU - Clamp, M. AU - Chang, J. L. AU - Kulbokas, E. J. AU - Zody, M. C. AU - Mauceli, E. AU - Xie, X. AU - Breen, M. AU - Wayne, R. K. AU - Ostrander, E. A. AU - Ponting, C. P. AU - Galibert, F. AU - Smith, D. R. AU - DeJong, P. J. AU - Kirkness, E. AU - Alvarez, P. AU - Biagi, T. AU - Brockman, W. AU - Butler, J. AU - Chin, C. W. AU - Cook, A. AU - Cuff, J. AU - Daly, M. J. AU - DeCaprio, D. AU - Gnerre, S. AU - Grabherr, M. AU - Kellis, M. AU - Kleber, M. AU - Bardeleben, C. AU - Goodstadt, L. AU - Heger, A. AU - Hitte, C. AU - Kim, L. AU - Koepfli, K. P. AU - Parker, H. G. AU - Pollinger, J. P. AU - Searle, S. M. AU - Sutter, N. B. AU - Thomas, R. AU - Webber, C. AU - Baldwin, J. AU - Abebe, A. AU - Abouelleil, A. AU - Aftuck, L. AU - Ait-Zahra, M. AU - Aldredge, T. AU - Allen, N. AU - An, P. AU - Anderson, S. AU - Antoine, C. AU - Arachchi, H. AU - Aslam, A. AU - Ayotte, L. AU - Bachantsang, P. AU - Barry, A. AU - Bayul, T. AU - Benamara, M. AU - Berlin, A. AU - Bessette, D. AU - Blitshteyn, B. AU - Bloom, T. AU - Blye, J. AU - Boguslavskiy, L. AU - Bonnet, C. AU - Boukhgalter, B. AU - Brown, A. AU - Cahill, P. AU - Calixte, N. AU - Camarata, J. AU - Cheshatsang, Y. AU - Chu, J. AU - Citroen, M. AU - Collymore, A. AU - Cooke, P. AU - Dawoe, T. AU - Daza, R. AU - Decktor, K. AU - DeGray, S. AU - Dhargay, N. AU - Dooley, K. AU - Dooley, K. AU - Dorje, P. AU - Dorjee, K. AU - Dorris, L. AU - Duffey, N. AU - Dupes, A. AU - Egbiremolen, O. AU - Elong, R. AU - Falk, J. AU - Farina, A. AU - Faro, S. AU - Ferguson, D. AU - Ferreira, P. AU - Fisher, S. AU - FitzGerald, M. AU - Foley, K. AU - Foley, C. AU - Franke, A. AU - Friedrich, D. AU - Gage, D. AU - Garber, M. AU - Gearin, G. AU - Giannoukos, G. AU - Goode, T. AU - Goyette, A. AU - Graham, J. AU - Grandbois, E. AU - Gyaltsen, K. AU - Hafez, N. AU - Hagopian, D. AU - Hagos, B. AU - Hall, J. AU - Healy, C. AU - Hegarty, R. AU - Honan, T. AU - Horn, A. AU - Houde, N. AU - Hughes, L. AU - Hunnicutt, L. AU - Husby, M. AU - Jester, B. AU - Jones, C. AU - Kamat, A. AU - Kanga, B. AU - Kells, C. AU - Khazanovich, D. AU - Kieu, A. C. AU - Kisner, P. AU - Kumar, M. AU - Lance, K. AU - Landers, T. AU - Lara, M. AU - Lee, W. AU - Leger, J. P. AU - Lennon, N. AU - Leuper, L. AU - LeVine, S. AU - Liu, J. AU - Liu, X. AU - Lokyitsang, Y. AU - Lokyitsang, T. AU - Lui, A. AU - Macdonald, J. AU - Major, J. AU - Marabella, R. AU - Maru, K. AU - Matthews, C. AU - McDonough, S. AU - Mehta, T. AU - Meldrim, J. AU - Melnikov, A. AU - Meneus, L. AU - Mihalev, A. AU - Mihova, T. AU - Miller, K. AU - Mittelman, R. AU - Mlenga, V. AU - Mulrain, L. AU - Munson, G. AU - Navidi, A. AU - Naylor, J. AU - Nguyen, T. AU - Nguyen, N. AU - Nguyen, C. AU - Nguyen, T. AU - Nicol, R. AU - Norbu, N. AU - Norbu, C. AU - Novod, N. AU - Nyima, T. AU - Olandt, P. AU - O'Neill, B. AU - O'Neill, K. AU - Osman, S. AU - Oyono, L. AU - Patti, C. AU - Perrin, D. AU - Phunkhang, P. AU - Pierre, F. AU - Priest, M. AU - Rachupka, A. AU - Raghuraman, S. AU - Rameau, R. AU - Ray, V. AU - Raymond, C. AU - Rege, F. AU - Rise, C. AU - Rogers, J. AU - Rogov, P. AU - Sahalie, J. AU - Settipalli, S. AU - Sharpe, T. AU - Shea, T. AU - Sheehan, M. AU - Sherpa, N. AU - Shi, J. AU - Shih, D. AU - Sloan, J. AU - Smith, C. AU - Sparrow, T. AU - Stalker, J. AU - Stange-Thomann, N. AU - Stavropoulos, S. AU - Stone, C. AU - Stone, S. AU - Sykes, S. AU - Tchuinga, P. AU - Tenzing, P. AU - Tesfaye, S. AU - Thoulutsang, D. AU - Thoulutsang, Y. AU - Topham, K. AU - Topping, I. AU - Tsamla, T. AU - Vassiliev, H. AU - Venkataraman, V. AU - Vo, A. AU - Wangchuk, T. AU - Wangdi, T. AU - Weiand, M. AU - Wilkinson, J. AU - Wilson, A. AU - Yadav, S. AU - Yang, S. AU - Yang, X. AU - Young, G. AU - Yu, Q. AU - Zainoun, J. AU - Zembek, L. AU - Zimmer, A. AU - Lander, E. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequence, comparative analysis and haplotype structure of the domestic dog JO - Nature VL - 438 UR - https://doi.org/10.1038/nature04338 DO - 10.1038/nature04338 ID - Lindblad-Toh2005 ER - TY - JOUR AU - Hinds, D. A. AU - Stuve, L. L. AU - Nilsen, G. B. AU - Halperin, E. AU - Eskin, E. AU - Ballinger, D. G. AU - Frazer, K. A. AU - Cox, D. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Whole-genome patterns of common DNA variation in three human populations JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1105436 DO - 10.1126/science.1105436 ID - Hinds2005 ER - TY - JOUR AU - Schnabel, R. D. AU - Kim, J. J. AU - Ashwell, M. S. AU - Sonstegard, T. S. AU - Van Tassell, C. P. AU - Connor, E. E. AU - Taylor, J. F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Fine-mapping milk production quantitative trait loci on BTA6: analysis of the bovine osteopontin gene JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0502398102 DO - 10.1073/pnas.0502398102 ID - Schnabel2005 ER - TY - JOUR AU - Ardlie, K. G. AU - Kruglyak, L. AU - Seielstad, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Patterns of linkage disequilibrium in the human genome JO - Nat Rev Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nrg777 DO - 10.1038/nrg777 ID - Ardlie2002 ER - TY - JOUR AU - Ke, X. AU - Hunt, S. AU - Tapper, W. AU - Lawrence, R. AU - Stavrides, G. AU - Ghori, J. AU - Whittaker, P. AU - Collins, A. AU - Morris, A. P. AU - Bentley, D. AU - Cardon, L. R. AU - Deloukas, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - The impact of SNP density on fine-scale patterns of linkage disequilibrium JO - Hum Mol Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddh060 DO - 10.1093/hmg/ddh060 ID - Ke2004 ER - TY - JOUR AU - Khatkar, M. S. AU - Zenger, K. R. AU - Hobbs, M. AU - Hawken, R. J. AU - Cavanagh, J. A. AU - Barris, W. AU - McClintock, A. E. AU - McClintock, S. AU - Thomson, P. C. AU - Tier, B. AU - Nicholas, F. W. AU - Raadsma, H. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - A primary assembly of a bovine haplotype block map based on a 15,036-single-nucleotide polymorphism panel genotyped in holstein-friesian cattle JO - Genetics VL - 176 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.106.069369 DO - 10.1534/genetics.106.069369 ID - Khatkar2007 ER - TY - JOUR AU - Boyles, A. L. AU - Scott, W. K. AU - Martin, E. R. AU - Schmidt, S. AU - Li, Y. J. AU - Ashley-Koch, A. AU - Bass, M. P. AU - Schmidt, M. AU - Pericak-Vance, M. A. AU - Speer, M. C. AU - Hauser, E. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Linkage disequilibrium inflates type I error rates in multipoint linkage analysis when parental genotypes are missing JO - Hum Hered VL - 59 UR - https://doi.org/10.1159/000087122 DO - 10.1159/000087122 ID - Boyles2005 ER - TY - JOUR AU - Daly, M. J. AU - Rioux, J. D. AU - Schaffner, S. F. AU - Hudson, T. J. AU - Lander, E. S. PY - 2001 DA - 2001// TI - High-resolution haplotype structure in the human genome JO - Nat Genet VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/ng1001-229 DO - 10.1038/ng1001-229 ID - Daly2001 ER - TY - JOUR AU - Zhao, H. AU - Nettleton, D. AU - Soller, M. AU - Dekkers, J. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evaluation of linkage disequilibrium measures between multi-allelic markers as predictors of linkage disequilibrium between markers and QTL JO - Genet Res VL - 86 UR - https://doi.org/10.1017/S001667230500769X DO - 10.1017/S001667230500769X ID - Zhao2005 ER - TY - JOUR AU - Pritchard, J. K. AU - Przeworski, M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Linkage disequilibrium in humans: models and data JO - Am J Hum Genet VL - 69 UR - https://doi.org/10.1086/321275 DO - 10.1086/321275 ID - Pritchard2001 ER - TY - JOUR AU - Kruglyak, L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Prospects for whole-genome linkage disequilibrium mapping of common disease genes JO - Nat Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/9642 DO - 10.1038/9642 ID - Kruglyak1999 ER - TY - JOUR AU - Weiss, K. M. AU - Clark, A. G. PY - 2002 DA - 2002// TI - Linkage disequilibrium and the mapping of complex human traits JO - Trends Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(01)02550-1 DO - 10.1016/S0168-9525(01)02550-1 ID - Weiss2002 ER - TY - JOUR AU - Tenesa, A. AU - Navarro, P. AU - Hayes, B. J. AU - Duffy, D. L. AU - Clarke, G. M. AU - Goddard, M. E. AU - Visscher, P. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Recent human effective population size estimated from linkage disequilibrium JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6023607 DO - 10.1101/gr.6023607 ID - Tenesa2007 ER - TY - JOUR AU - Sanders, J. O. PY - 1980 DA - 1980// TI - History and development of Zebu cattle in the United States JO - J Anim Sci VL - 50 ID - Sanders1980 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. L. AU - Reecy, J. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Animal QTLdb: beyond a repository : A public platform for QTL comparisons and integration with diverse types of structural genomic information JO - Mamm Genome VL - 18 UR - https://doi.org/10.1007/s00335-006-0105-8 DO - 10.1007/s00335-006-0105-8 ID - Hu2007 ER - TY - JOUR AU - Polineni, P. AU - Aragonda, P. AU - Xavier, S. R. AU - Furuta, R. AU - Adelson, D. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - The bovine QTL viewer: a web accessible database of bovine Quantitative Trait Loci JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-283 DO - 10.1186/1471-2105-7-283 ID - Polineni2006 ER - TY - STD TI - Website, NCBI, Mapview: . [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9913] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=9913 ID - ref30 ER - TY - STD TI - Website, USDA, MARC: . [http://www.marc.usda.gov/genome/genome.html] UR - http://www.marc.usda.gov/genome/genome.html ID - ref31 ER - TY - JOUR AU - Yu, A. AU - Zhao, C. AU - Fan, Y. AU - Jang, W. AU - Mungall, A. J. AU - Deloukas, P. AU - Olsen, A. AU - Doggett, N. A. AU - Ghebranious, N. AU - Broman, K. W. AU - Weber, J. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Comparison of human genetic and sequence-based physical maps JO - Nature VL - 409 UR - https://doi.org/10.1038/35057185 DO - 10.1038/35057185 ID - Yu2001 ER - TY - STD TI - Website, NCBI, dbSNP: . [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/] UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/ ID - ref33 ER - TY - STD TI - Website, Medicine BC, FTP: . [ftp://ftp.hgsc.bcm.tmc.edu/pub/data/Btaurus/snp] UR - ftp://ftp.hgsc.bcm.tmc.edu/pub/data/Btaurus/snp ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Oliphant, A. AU - Barker, D. L. AU - Stuelpnagel, J. R. AU - Chee, M. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - BeadArray technology: enabling an accurate, cost-effective approach to high-throughput genotyping JO - Biotechniques VL - Suppl ID - Oliphant2002 ER - TY - STD TI - Website, Illumina: . [http://www.illumina.com] UR - http://www.illumina.com ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Abecasis, G. R. AU - Cookson, W. O. PY - 2000 DA - 2000// TI - GOLD--graphical overview of linkage disequilibrium JO - Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.2.182 DO - 10.1093/bioinformatics/16.2.182 ID - Abecasis2000 ER -