Testing for homogeneity of gametic disequilibrium across strata

Yin, Xiaolin; Ma, Wenqing; Tang, Manlai; Guo, Jianhua

doi:10.1186/1471-2156-8-85

BMC Genomic Data

Table 3 Empirical type I error rates for X^2* and T² for equal allele probabilities across K = 5 strata under H₀

From: Testing for homogeneity of gametic disequilibrium across strata

n	D	p₁₊	p₊₁	X ^2*	T ²
50, 50, 50, 50, 50	-0.125	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.041	0.146
	0.0			0.053	0.048
	0.125			0.090	0.148
	-0.075	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.049	0.059
	0.0			0.053	0.051
	0.075			0.084	0.063
	-0.045	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.036	0.018
	0.0			0.039	0.048
	0.105			0.172	0.228
	-0.025	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.075	0.029
	0.0			0.071	0.038
	0.025			0.059	0.026
	-0.015	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.015	0.012
	0.0			0.028	0.043
	0.035			0.136	0.147
	-0.005	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.025	0.024
	0.0			0.026	0.079
	0.045			0.500	0.715
100, 100, 100, 100, 100	-0.125	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.046	0.135
	0.0			0.051	0.050
	0.125			0.068	0.141
	-0.075	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.050	0.059
	0.0			0.051	0.051
	0.075			0.054	0.059
	-0.045	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.046	0.020
	0.0			0.044	0.052
	0.105			0.051	0.212
	-0.025	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.063	0.030
	0.0			0.058	0.048
	0.025			0.057	0.029
	-0.015	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.026	0.009
	0.0			0.025	0.047
	0.035			0.088	0.137
	-0.005	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.016	0.007
	0.0			0.008	0.006
	0.045			0.476	0.667
200, 200, 200, 200, 200	-0.125	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.051	0.134
	0.0			0.049	0.049
	0.125			0.061	0.133
	-0.075	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.051	0.055
	0.0			0.049	0.050
	0.075			0.054	0.059
	-0.045	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.053	0.022
	0.0			0.050	0.051
	0.105			0.050	0.203
	-0.025	0.5, 0.5, 0.5, 0.5, 0.5	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.054	0.027
	0.0			0.048	0.049
	0.025			0.053	0.028
	-0.015	0.3, 0.3, 0.3, 0.3, 0.3	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.037	0.008
	0.0			0.037	0.049
	0.035			0.044	0.123
	-0.005	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.1, 0.1, 0.1, 0.1, 0.1	0.017	0.007
	0.0			0.018	0.053
	0.045			0.193	0.651

The empirical type I error rate which is significant for the two-sided t-test at the nominal level of 0.05 is marked with underline.

Back to article page

ISSN: 2730-6844

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com