Characterization of novel SSR markers in diverse sainfoin (Onobrychis viciifolia) germplasm

Kempf, Katharina; Mora-Ortiz, Marina; Smith, Lydia M. J.; Kölliker, Roland; Skøt, Leif

doi:10.1186/s12863-016-0431-0

BMC Genomic Data

Table 3 Characterization of the 101 polymorphic sainfoin markers

From: Characterization of novel SSR markers in diverse sainfoin (Onobrychis viciifolia) germplasm

Marker	PIC Av	PIC Min	PIC Max	NoA	NoA Priv	MinAF	MaxAF	Size
OVK002	0.22	0.06	0.47	9	3	0.03	0.63	154–175
OVK003	0.23	0.06	0.47	11	2	0.03	0.38	92–124
OVK017	0.22	0.06	0.50	19	5	0.03	0.47	148–184
OVK027	0.28	0.06	0.50	9	2	0.03	0.59	120–140
OVK034	0.27	0.06	0.49	12	1	0.03	0.56	138–154
OVK036	0.35	0.17	0.50	7	0	0.09	0.69	133–154
OVK038	0.19	0.06	0.40	14	4	0.03	0.28	155–186
OVK042	0.25	0.00	0.50	2	0	0.50	1.00	183–186
OVK045	0.29	0.12	0.43	6	0	0.09	0.94	138–148
OVK046	0.31	0.06	0.49	12	1	0.03	0.56	138–157
OVK054	0.29	0.12	0.49	15	0	0.06	0.44	274–290
OVK055	0.20	0.06	0.38	8	2	0.03	0.84	135–159
OVK063	0.24	0.06	0.50	13	2	0.03	0.72	179–200
OVK068	0.25	0.06	0.43	9	3	0.03	0.31	186–213
OVK072	0.32	0.12	0.50	4	0	0.06	0.81	193–198
OVK073	0.29	0.06	0.50	11	1	0.03	0.53	186–210
OVK077	0.23	0.06	0.45	9	2	0.03	0.78	233–264
OVK089	0.27	0.06	0.49	9	2	0.03	0.44	279–299
OVK093	0.23	0.06	0.50	14	6	0.03	0.56	234–271
OVK094	0.24	0.06	0.48	14	4	0.03	0.66	208–244
OVK096	0.21	0.06	0.48	20	6	0.03	0.41	215–294
OVK097	0.22	0.06	0.38	3	0	0.13	0.97	240–248
OVK099	0.25	0.06	0.49	13	2	0.03	0.75	232–270
OVK101	0.36	0.06	0.50	7	1	0.03	0.72	339–352
OVK102	0.23	0.06	0.34	4	1	0.03	0.22	239–251
OVK107	0.29	0.06	0.45	15	1	0.03	0.72	206–234
OVK111	0.26	0.06	0.48	7	2	0.03	0.75	213–232
OVK119	0.30	0.06	0.47	10	1	0.03	0.72	216–252
OVK122	0.24	0.06	0.45	8	1	0.03	0.66	330–341
OVK123	0.26	0.06	0.50	10	3	0.03	0.75	208–237
OVK124	0.26	0.06	0.49	15	1	0.03	0.44	218–267
OVK125	0.29	0.06	0.50	9	1	0.03	0.72	197–222
OVK126	0.25	0.06	0.49	15	3	0.03	0.56	198–233
OVK127	0.28	0.06	0.49	6	1	0.03	0.44	204–222
OVK131	0.17	0.06	0.48	15	3	0.03	0.59	183–228
OVK133	0.25	0.06	0.50	13	3	0.03	0.63	205–239
OVK138	0.21	0.06	0.49	13	6	0.03	0.56	232–267
OVK141	0.14	0.06	0.47	15	7	0.03	0.38	242–269
OVK142	0.25	0.06	0.50	12	3	0.03	0.47	256–285
OVK155	0.24	0.06	0.49	14	3	0.03	0.56	234–282
OVK158	0.19	0.06	0.40	24	6	0.03	0.28	273–375
OVK159	0.23	0.06	0.50	14	4	0.03	0.81	268–290
OVK161	0.25	0.06	0.40	12	1	0.03	0.28	220–276
OVK165	0.19	0.06	0.50	20	6	0.03	0.50	273–311
OVK168	0.24	0.06	0.50	11	3	0.03	0.81	258–284
OVK172	0.16	0.00	0.30	5	0	0.06	1.00	268–279
OVK173	0.23	0.06	0.48	18	5	0.03	0.59	268–316
OVK174	0.23	0.06	0.48	5	2	0.03	0.75	245–266
OVK175	0.19	0.06	0.38	10	2	0.03	0.88	252–267
OVK177	0.27	0.06	0.49	7	2	0.03	0.59	267–286
OVK181	0.19	0.06	0.38	19	4	0.03	0.25	343–381
OVK183	0.24	0.06	0.49	17	1	0.03	0.44	266–289
OVK196	0.21	0.06	0.50	8	2	0.03	0.53	297–314
OVM003	0.31	0.12	0.47	10	0	0.06	0.69	299–321
OVM004	0.21	0.06	0.45	18	6	0.03	0.34	380–426
OVM025	0.33	0.17	0.49	7	0	0.09	0.84	306–324
OVM031	0.26	0.00	0.50	13	1	0.03	1.00	292–353
OVM033	0.29	0.06	0.50	8	1	0.03	0.69	308–330
OVM034	0.22	0.06	0.50	17	5	0.03	0.53	307–355
OVM035	0.22	0.06	0.50	17	5	0.03	0.53	301–350
OVM038	0.19	0.06	0.43	14	4	0.03	0.31	311–351
OVM043	0.30	0.06	0.49	10	2	0.03	0.66	173–203
OVM048	0.29	0.12	0.43	6	0	0.06	0.72	174–186
OVM049	0.31	0.06	0.50	9	1	0.03	0.50	162–198
OVM050	0.20	0.06	0.49	13	6	0.03	0.72	168–198
OVM053	0.32	0.06	0.50	11	1	0.03	0.50	134–182
OVM057	0.35	0.17	0.49	5	0	0.09	0.66	165–180
OVM058	0.23	0.06	0.49	15	3	0.03	0.44	135–178
OVM059	0.24	0.06	0.48	7	2	0.03	0.59	156–174
OVM060	0.23	0.06	0.50	21	4	0.03	0.50	172–219
OVM061	0.19	0.06	0.50	10	4	0.03	0.84	143–175
OVM062	0.30	0.06	0.49	12	2	0.03	0.59	151–170
OVM064	0.16	0.06	0.47	16	8	0.03	0.38	380–444
OVM065	0.25	0.06	0.49	14	4	0.03	0.69	360–391
OVM067	0.33	0.17	0.49	6	0	0.09	0.66	366–380
OVM068	0.26	0.12	0.43	8	0	0.06	0.88	343–368
OVM069	0.26	0.06	0.48	13	2	0.03	0.59	454–479
OVM072	0.28	0.00	0.50	7	1	0.03	1.00	365–387
OVM073	0.20	0.06	0.45	21	5	0.03	0.34	446–511
OVM076	0.22	0.06	0.48	17	3	0.03	0.41	347–376
OVM081	0.18	0.06	0.40	17	5	0.03	0.28	353–396
OVM083	0.30	0.06	0.50	11	2	0.03	0.63	365–384
OVM086	0.32	0.06	0.50	10	1	0.03	0.63	371–391
OVM090	0.30	0.06	0.49	8	2	0.03	0.84	158–180
OVM091	0.34	0.06	0.50	8	1	0.03	0.47	184–217
OVM092	0.23	0.06	0.43	7	2	0.03	0.81	163–185
OVM094	0.33	0.12	0.50	7	0	0.06	0.81	190–207
OVM099	0.18	0.06	0.50	11	5	0.03	0.50	165–198
OVM100	0.24	0.00	0.48	5	0	0.09	1.00	163–179
OVM110	0.21	0.06	0.49	18	5	0.03	0.44	163–185
OVM116	0.28	0.06	0.49	15	2	0.03	0.56	138–204
OVM120	0.34	0.06	0.50	6	1	0.03	0.88	169–187
OVM122	0.31	0.06	0.50	4	1	0.03	0.91	164–180
OVM125	0.26	0.06	0.50	10	3	0.03	0.47	161–180
OVM126	0.22	0.06	0.50	18	4	0.03	0.53	191–229
OVM128	0.26	0.06	0.47	9	1	0.03	0.81	173–190
OVM129	0.25	0.06	0.49	14	4	0.03	0.56	146–173
OVM130	0.20	0.06	0.47	20	7	0.03	0.38	152–187
OVM131	0.34	0.06	0.50	8	2	0.03	0.56	159–198
OVM132	0.30	0.06	0.47	8	2	0.03	0.78	157–176
OVM133	0.20	0.06	0.47	14	3	0.03	0.63	177–212

PICAv, PICMin and PICMax give the average, minimum and maximum allele-wise polymorphism information content values, NoA_Tot the total number of alleles, NoA_Priv the number of private alleles, MinAF the minimum allele frequency and MaxAF the maximum allele frequency value

Back to article page

ISSN: 2730-6844

Contact us

General enquiries: journalsubmissions@springernature.com