Table 3 SNPs PIP_0.99 associated with dorsal colour morphs obtained through Multi–SNP association tests using Bayesian regression approach

SNP_ID

PIP

β

Minor Allele

Major Allele

MAF TRI

MAF MAR

MAF TYP

 41239:75

0.05228

0.73688

G

T

0.3333

0.0000

0.1000

 50515:83

0.05294

0.70499

A

T

0.2857

0.0000

0.0000

  55187:46

0.05326

0.67185

A

G

0.2778

0.0000

0.5000

  55187:79

0.07371

1.18427

G

A

0.3887

0.0000

0.5000

 69098:53

0.0545

4.0856

C

A

0.1818

0.0000

0.2778

  75897:7

0.13035

0.89186

C

T

0.5833

0.0000

0.0000

 94147:30

0.05298

0.7147

G

A

0.6818

0.3182

0.3889

 106126:52

0.05356

1.10651

C

T

0.2500

0.0000

0.0000

 126355:29

0.08618

3.89385

T

C

0.5500

0.0455

0.1667

 3950:1

0.05946

−0.86693

G

A

0.1667

0.7727

0.3750

  22795:88

0.06048

−0.98089

G

A

0.0500

0.5000

0.4286

 25027:11

0.05188

−1.28702

T

A

0.0000

0.1667

0.1667

 3950:1

0.05946

−0.86693

G

A

0.1667

0.7727

0.3750

 22795:88

0.06048

−0.98089

G

A

0.0500

0.5000

0.4286

 25027:11

0.05188

−1.28702

T

A

0.0000

0.1667

0.1667

  43069:10

0.07528

−2.3343

C

G

0.0000

0.4167

0.5714

 43069:34

0.06763

−1.50904

A

T

0.0000

0.4167

0.5000

 54226:66

0.05956

−1.00561

A

T

0.0000

0.3500

0.0000

 63439:8

0.05754

−0.73234

A

C

0.1364

0.5500

0.3500

 83460:19

0.05406

−0.72601

C

T

0.0000

0.3889

0.0000

  87932:85

0.05747

−0.72742

C

T

0.0000

0.5000

0.5556

 103246:16

0.05827

−1.14876

T

C

0.0000

0.3571

0.1000

SNP_ID

PIP

β

Minor Allele

Major Allele

MAF TRI

MAF MAR

MAF TYP

 6535:35

0.0534

0.92979

G

A

0.1667

0.5556

0.6250

  22795:88

0.0519

0.71932

G

A

0.0500

0.5000

0.4286

 24031:66

0.05241

1.12531

C

T

0.0000

0.1111

0.2000

 24031:81

0.05745

0.84617

T

G

0.0000

0.0556

0.2000

 41742:86

0.05111

0.74532

C

G

0.0000

0.4167

0.5714

  43069:10

0.09056

1.35007

A

T

0.0000

0.4167

0.5000

 43069:34

0.09699

1.79618

A

T

0.0000

0.4167

0.5000

 45009:87

0.05206

0.64932

T

G

0.1500

0.1818

0.6500

 59359:24

0.05896

1.0716

G

A

0.1000

0.2000

0.6000

  87932:85

0.05394

0.98257

C

T

0.0000

0.5000

0.5556

 103746:74

0.07094

1.25641

T

A

0.0909

0.4000

0.5833

 123202:88

0.05166

0.6811

T

A

0.0909

0.1000

0.4286

 27816:86

0.05363

−0.79657

G

A

0.6364

0.4375

0.1875

 37095:26

0.05663

−0.84607

T

G

0.4444

0.1000

0.0556

 43143:5

0.05286

−0.67184

T

C

0.7222

0.4000

0.2500

 56752:20

0.05638

−0.73623

G

A

0.6875

0.4444

0.1250

  75897:7

0.07396

−1.31379

C

T

0.5833

0.0000

0.0000

 118051:49

0.05605

−0.82887

G

C

0.1000

0.1500

0.0000

 118835:54

0.05156

−0.68197

C

A

0.0455

0.3636

0.0000

SNP_ID

PIP

β

Minor Allele

Major Allele

MAF TRI

MAF MAR

MAF TYP

 7095:50

0.04707

0.65574

C

T

0.0556

0.0417

0.2000

 11381:9

0.04714

0.61586

A

G

0.1667

0.0000

0.2857

 20734:39

0.0621

0.06957

T

C

0.4286

0.3000

0.7778

 23155:83

0.04559

0.58512

T

G

0.1111

0.1000

0.5000

 24668:63

0.05327

0.84822

C

G

0.3333

0.3182

0.7500

 27059:59

0.04681

1.00875

T

C

0.2222

0.2083

0.5000

 35205:6

0.06037

0.89098

G

C

0.0625

0.2273

0.0000

 54049:70

0.0568

0.76067

G

A

0.5000

0.2727

0.7500

  55187:46

0.11972

1.88694

A

G

0.2778

0.0000

0.5000

  55187:79

0.13314

0.66567

G

T

0.3889

0.0000

0.5000

 64258:61

0.05429

0.96162

G

A

0.1500

0.0455

0.4286

 102702:13

0.04718

0.03275

T

A

0.0000

0.0000

0.2143

 104623:88

0.04711

0.70632

G

A

0.1875

0.0000

0.1429

 108304:78

0.04626

0.48985

C

A

0.3571

0.2971

0.6250

 16628:65

0.06209

−0.89022

C

A

0.0000

0.5000

0.0000

 51349:15

0.04563

−0.59847

T

C

0.1667

0.2500

0.0000

 64204:16

0.04703

−0.60862

T

G

0.1250

0.5000

0.1111

 64204:46

0.04626

−0.59146

G

T

0.2778

0.5000

0.1111

 66105:38

0.04521

−0.53359

A

C

0.3000

0.2143

0.0500