Repeat motif | No. of repeats | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | >10 | Total | |
Mono-nucleotide (1164) | |||||||||
 A/T | - | - | - | - | - | - | - | 1161 | 1161 |
 C/G | - | - | - | - | - | - | - | 3 | 3 |
Di-nucleotide (1540) | |||||||||
 AG/CT | - | - | 418 | 198 | 150 | 125 | 134 | 71 | 1096 |
 AT/AT | - | - | 91 | 51 | 41 | 12 | 22 | 28 | 245 |
 AC/GT | - | - | 96 | 47 | 28 | 13 | 8 | 7 | 199 |
 Others | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
Tri-nucleotide (2500) | |||||||||
 AAG/CTT | - | 397 | 237 | 137 | 6 | - | - | - | 777 |
 ATC/ATG | - | 253 | 102 | 79 | 7 | - | - | - | 441 |
 ACC/GGT | - | 174 | 65 | 32 | 5 | - | - | - | 276 |
 AGC/CTG | - | 156 | 43 | 29 | 7 | - | - | - | 235 |
 AAC/GTT | - | 142 | 61 | 20 | 3 | - | - | - | 226 |
 Others | - | 337 | 133 | 54 | 21 | - | - | - | 545 |
Tetra-nucleotide (64) | |||||||||
 AAAG/CTTT | - | 13 | 2 | - | - | - | - | - | 15 |
 ACTC/AGTG | - | 7 | 7 | - | - | - | - | - | 14 |
 AAAT/ATTT | - | 10 | - | - | - | - | - | - | 10 |
 AATG/ATTC | - | 8 | 1 | - | - | - | - | - | 9 |
 Others | - | 12 | 4 | - | - | - | - | - | 16 |
Penta-nucleotide (137) | |||||||||
 AAGAG/CTCTT | 38 | - | - | - | - | - | - | - | 38 |
 AAAAT/ATTTT | 13 | - | - | - | - | - | - | - | 13 |
 AAAAG/CTTTT | 10 | 1 | - | - | - | - | - | - | 11 |
 AACAC/GTGTT | 9 | - | - | - | - | - | - | - | 9 |
 Others | 62 | 4 | - | - | - | - | - | - | 66 |
Hexa-nucleotide (155) | |||||||||
 AAACCC/GGGTTT | 7 | - | - | - | - | - | - | - | 7 |
 AATGGC/ATTGCC | 7 | - | - | - | - | - | - | - | 7 |
 AAAGAG/CTCTTT | 6 | - | - | - | - | - | - | - | 6 |
 AACTTG/AAGTTC | 5 | - | - | - | - | - | - | - | 5 |
 ACAGCC/CTGTGG | 5 | - | - | - | - | - | - | - | 5 |
 Others | 125 | - | - | - | - | - | - | - | 125 |
Total | 287 | 1514 | 1260 | 647 | 268 | 150 | 164 | 1270 | 5560 |
% | 5.2 | 27.2 | 22.7 | 11.6 | 4.8 | 2.7 | 3.0 | 22.8 | Â |