TY - JOUR AU - Cheung, V. G. AU - Conlin, L. K. AU - Weber, T. M. AU - Arcaro, M. AU - Jen, K. Y. AU - Morley, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Natural variation in human gene expression assessed in lymphoblastoid cells JO - Nat Genet VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/ng1094 DO - 10.1038/ng1094 ID - Cheung2003 ER - TY - JOUR PY - 2015 DA - 2015// TI - Multitissue gene regulation in humans JO - Science. VL - 348 UR - https://doi.org/10.1126/science.1262110 DO - 10.1126/science.1262110 ID - ref2 ER - TY - STD TI - GTEx Consortium, et al. Genetic effects on gene expression across human tissues. Nature. 2017;550(7675):204–13. ID - ref3 ER - TY - JOUR AU - Gilad, Y. AU - Rifkin, S. A. AU - Pritchard, J. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Revealing the architecture of gene regulation: the promise of eQTL studies JO - Trends Genet VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2008.06.001 DO - 10.1016/j.tig.2008.06.001 ID - Gilad2008 ER - TY - JOUR AU - Albert, F. W. AU - Kruglyak, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - The role of regulatory variation in complex traits and disease JO - Nat Rev Genet. VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3891 DO - 10.1038/nrg3891 ID - Albert2015 ER - TY - JOUR AU - Gaffney, D. J. AU - Veyrieras, J. B. AU - Degner, J. F. AU - Pique-Regi, R. AU - Pai, A. A. AU - Crawford, G. E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Dissecting the regulatory architecture of gene expression QTLs JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-1-r7 DO - 10.1186/gb-2012-13-1-r7 ID - Gaffney2012 ER - TY - JOUR AU - Brown, C. D. AU - Mangravite, L. M. AU - Engelhardt, B. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Integrative modeling of eQTLs and cis-regulatory elements suggests mechanisms underlying cell type specificity of eQTLs JO - PLoS Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003649 DO - 10.1371/journal.pgen.1003649 ID - Brown2013 ER - TY - JOUR AU - Heidari, N. AU - Phanstiel, D. H. AU - He, C. AU - Grubert, F. AU - Jahanbani, F. AU - Kasowski, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide map of regulatory interactions in the human genome JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.176586.114 DO - 10.1101/gr.176586.114 ID - Heidari2014 ER - TY - JOUR AU - Dean, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - In the loop: long range chromatin interactions and gene regulation JO - Brief Funct Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1093/bfgp/elq033 DO - 10.1093/bfgp/elq033 ID - Dean2011 ER - TY - JOUR AU - Bonev, B. AU - Cavalli, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Organization and function of the 3D genome JO - Nat Rev Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2016.112 DO - 10.1038/nrg.2016.112 ID - Bonev2016 ER - TY - JOUR AU - Li, G. AU - Ruan, X. AU - Auerbach, R. K. AU - Sandhu, K. S. AU - Zheng, M. AU - Wang, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Extensive promoter-centered chromatin interactions provide a topological basis for transcription regulation JO - Cell. VL - 148 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.12.014 DO - 10.1016/j.cell.2011.12.014 ID - Li2012 ER - TY - JOUR AU - Hwang, Y. C. AU - Zheng, Q. AU - Gregory, B. D. AU - Wang, L. S. PY - 2013 DA - 2013// TI - High-throughput identification of long-range regulatory elements and their target promoters in the human genome JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt188 DO - 10.1093/nar/gkt188 ID - Hwang2013 ER - TY - JOUR AU - Tolhuis, B. AU - Palstra, R. -. J. AU - Splinter, E. AU - Grosveld, F. AU - Laat, W. PY - 2002 DA - 2002// TI - Looping and interaction between hypersensitive sites in the active β-globin locus JO - Mol Cell VL - 10 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(02)00781-5 DO - 10.1016/S1097-2765(02)00781-5 ID - Tolhuis2002 ER - TY - JOUR AU - Rao, S. S. AU - Huntley, M. H. AU - Durand, N. C. AU - Stamenova, E. K. AU - Bochkov, I. D. AU - Robinson, J. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping JO - Cell. VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.11.021 DO - 10.1016/j.cell.2014.11.021 ID - Rao2014 ER - TY - JOUR AU - Dekker, J. AU - Rippe, K. AU - Dekker, M. AU - Kleckner, N. PY - 2002 DA - 2002// TI - Capturing chromosome conformation JO - Science. VL - 295 UR - https://doi.org/10.1126/science.1067799 DO - 10.1126/science.1067799 ID - Dekker2002 ER - TY - JOUR AU - Lieberman-Aiden, E. AU - Berkum, N. L. AU - Williams, L. AU - Imakaev, M. AU - Ragoczy, T. AU - Telling, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding principles of the human genome JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1181369 DO - 10.1126/science.1181369 ID - Lieberman-Aiden2009 ER - TY - JOUR AU - Jin, F. AU - Li, Y. AU - Dixon, J. R. AU - Selvaraj, S. AU - Ye, Z. AU - Lee, A. Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - A high-resolution map of the three-dimensional chromatin interactome in human cells JO - Nature. VL - 503 UR - https://doi.org/10.1038/nature12644 DO - 10.1038/nature12644 ID - Jin2013 ER - TY - JOUR AU - Duggal, G. AU - Wang, H. AU - Kingsford, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Higher-order chromatin domains link eQTLs with the expression of far-away genes JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt857 DO - 10.1093/nar/gkt857 ID - Duggal2014 ER - TY - JOUR AU - Javierre, B. M. AU - Burren, O. S. AU - Wilder, S. P. AU - Kreuzhuber, R. AU - Hill, S. M. AU - Sewitz, S. AU - Cairns, J. AU - Wingett, S. W. AU - Várnai, C. AU - Thiecke, M. J. AU - Burden, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Lineage-specific genome architecture links enhancers and non-coding disease variants to target gene promoters JO - Cell. VL - 167 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.09.037 DO - 10.1016/j.cell.2016.09.037 ID - Javierre2016 ER - TY - JOUR AU - He, B. AU - Chen, C. AU - Teng, L. AU - Tan, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Global view of enhancer-promoter interactome in human cells JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1320308111 DO - 10.1073/pnas.1320308111 ID - He2014 ER - TY - STD TI - Ron G, Globerson Y, Moran D, Kaplan T. Promoter-enhancer interactions identified from Hi-C data using probabilistic models and hierarchical topological domains. Nat Commun. 2017;21;8(1):2237. ID - ref21 ER - TY - JOUR AU - Das, A. AU - Morley, M. AU - Moravec, C. S. AU - Tang, W. H. AU - Hakonarson, H. AU - Ashley, E. A. AU - Brandimarto, J. AU - Hu, R. AU - Li, M. AU - Li, H. AU - Liu, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bayesian integration of genetics and epigenetics detects causal regulatory SNPs underlying expression variability JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms9555 DO - 10.1038/ncomms9555 ID - Das2015 ER - TY - JOUR AU - Schmitt, A. D. AU - Hu, M. AU - Jung, I. AU - Xu, Z. AU - Qiu, Y. AU - Tan, C. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - A compendium of chromatin contact maps reveals spatially active regions in the human genome JO - Cell Rep VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2016.10.061 DO - 10.1016/j.celrep.2016.10.061 ID - Schmitt2016 ER - TY - JOUR AU - Dixon, J. R. AU - Gorkin, D. U. AU - Ren, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Chromatin domains: the unit of chromosome organization JO - Mol Cell VL - 62 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2016.05.018 DO - 10.1016/j.molcel.2016.05.018 ID - Dixon2016 ER - TY - JOUR AU - Dixon, J. R. AU - Selvaraj, S. AU - Yue, F. AU - Kim, A. AU - Li, Y. AU - Shen, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions JO - Nature. VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11082 DO - 10.1038/nature11082 ID - Dixon2012 ER - TY - JOUR AU - Kee, H. J. AU - Koh, J. T. AU - Kim, M. -. Y. AU - Ahn, K. Y. AU - Kim, J. K. AU - Bae, C. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Expression of brain-specific angiogenesis inhibitor 2 (BAI2) in normal and ischemic brain: involvement of BAI2 in the ischemia-induced brain angiogenesis JO - J Cereb Blood Flow Metab VL - 22 UR - https://doi.org/10.1097/00004647-200209000-00003 DO - 10.1097/00004647-200209000-00003 ID - Kee2002 ER -