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Table 1 PCR amplification bands (non-recombinant bands) in COC, BSB, IDC-F1, IDMC-F1, IDMC-F2, IDC-F2-C, and IDC-F2-M

From: Rapid genomic DNA variation in newly hybridized carp lineages derived from Cyprinus carpio (♀) × Megalobrama amblycephala (♂)

Genes

Species

Locus

Size (bp)

Exon 1 (bp)

Intron (bp)

Exon 2 (bp)

HoxA4a

COC

HoxA4ai

1177

89–500

501–970

971–1177

HoxA4aii

1182

89–500

501–975

976–1182

BSB

HoxA4a-BSB

1188

89–500

501–981

982–1188

IDC-F1

HoxA4ai

1177

89–500

501–970

971–1177

HoxA4aii

1182

89–500

501–975

976–1182

HoxA4aiii

1184

89–500

501–977

978–1184

HoxA4a-1

1181

89–500

501–974

975–1181

HoxA4a-BSB

1188

89–500

501–981

982–1188

IDMC-F1

HoxA4ai

1177

89–500

501–970

971–1177

HoxA4aii

1182

89–500

501–975

976–1182

IDMC-F2

HoxA4ai

1177

89–500

501–970

971–1177

HoxA4aii

1182

89–500

501–975

976–1182

IDC-F2-C

HoxA4ai

1177

89–500

501–970

971–1177

HoxA4aii

1182

89–500

501–975

976–1182

IDC-F2-M

HoxA4ai

1177

89–500

501–970

971–1177

HoxA4aii

1182

89–500

501–975

976–1182

HoxA9a

COC

HoxA9ai

817

1–381

382–620

621–817

HoxA9aii

891

1–381

382–694

695–891

BSB

HoxA9b

879

1–381

382–682

683–879

IDC-F1

HoxA9ai

817

1–381

382–620

621–817

HoxA9aii

867

1–381

382–670

671–867

IDMC-F1

HoxA9ai

817

1–381

382–620

621–817

IDMC-F2

HoxA9ai

817

1–381

382–620

621–817

IDC-F2-C

HoxA9ai

817

1–381

382–620

621–817

HoxA9aii

891

1–381

382–694

695–891

IDC-F2-M

HoxA9ai

817

1–381

382–620

621–817

HoxA2b

COC

HoxA2bi

1490

1–314

315–905

906–1490

HoxA2bii

1475

1–314

315–890

891–1475

BSB

HoxA2b

1479

1–311

312–894

895–1479

IDC-F1

HoxA2bi

1490

1–314

315–905

906–1490

HoxA2bii

1475

1–314

315–890

891–1475

HoxA2biii

1486

1–314

315–901

902–1486

HoxA2b-1

1448

1–314

315–863

864–1448

IDMC-F1

HoxA2bi

1490

1–314

315–905

906–1490

HoxA2bii

1475

1–314

315–890

891–1475

IDC-F2-C

HoxA2bi

1490

1–314

315–905

906–1490

HoxA2bii

1475

1–314

315–890

891–1475

IDC-F2-M

HoxA2bi

1490

1–314

315–905

906–1490

HoxA2bii

1475

1–314

315–890

891–1475

IDMC-F2

HoxA2bi

1490

1–314

315–905

906–1490

HoxA2bii

1475

1–314

315–890

891–1475

HoxA11b

COC

HoxA11bi

1440

3–590

591–1342

1343–1440

BSB

HoxA11b-BSB

1703

3–602

603–1605

1606–1703

IDC-F1

HoxA11bi

1440

3–590

591–1342

1343–1440

HoxA11bii

1401

3–590

591–1303

1304–1401

IDMC-F1

HoxA11bi

1439

3–590

591–1342

1343–1439

IDMC-F2

HoxA11bi

1439

3–590

591–1342

1343–1439

IDC-F2-C

HoxA11bi

1440

3–590

591–1342

1343–1440

IDC-F2-M

HoxA11bi

1440

3–590

591–1342

1343–1440

HoxB1a

COC

HoxB1aiψ

1510

HoxB1aii

1526

1–462

463–1250

1251–1526

BSB

HoxB1a

1522

1–459

460–1246

1247–1522

IDC-F1

HoxB1aiψ

1510

HoxB1aiii

1484

1–450

451–1208

1209–1484

IDMC-F1

HoxB1aiψ

1510

HoxB1aii

1525

1–462

463–1249

1250–1525

IDMC-F2

HoxB1aiψ

1510

IDC-F2-C

HoxB1aiψ

1510

IDC-F2-M

HoxB1aiψ

1510

HoxB4aψ

COC

HoxB4aiψ

1631

BSB

HoxB4aψ

1617

IDC-F1

HoxB4aiψ

1630

HoxB4aiiψ

1613

IDMC-F1

HoxB4aiψ

1630

IDMC-F2

HoxB4aiψ

1630

IDC-F2-C

HoxB4aiψ

1630

IDC-F2-M

HoxB4aiψ

1630

HoxB1b

COC

HoxB1bi

731

1–477

478–565

566–731

BSB

HoxB1b-BSB

751

1–477

478–585

586–751

IDC-F1

HoxB1bi

731

1–477

478–565

566–731

HoxB1bii

733

1–477

478–567

568–733

HoxB1b-BSB

751

1–477

478–585

586–751

IDMC-F1

HoxB1bi

731

1–477

478–565

566–731

IDMC-F2

HoxB1bi

731

1–477

478–565

566–731

IDC-F2-C

HoxB1bi

731

1–477

478–565

566–731

IDC-F2-M

HoxB1bi

731

1–477

478–565

566–731

HoxB5b

COC

HoxB5bi

1191

1–561

562–985

986–1191

HoxB5bii

1190

1–564

565–984

985–1190

BSB

HoxB5b-BSB

1227

1–564

565–1021

1022–1227

IDC-F1

HoxB5bi

1191

1–561

562–985

986–1191

HoxB5bii

1190

1–564

565–984

985–1190

HoxB5biii

1196

1–561

562–990

991–1196

HoxB5b-BSB

1226

1–564

565–1020

1021–1226

IDMC-F1

HoxB5bi

1191

1–561

562–985

986–1191

HoxB5bii

1190

1–564

565–984

985–1190

IDMC-F2

HoxB5bi

1191

1–561

562–985

986–1191

IDC-F2-C

HoxB5bi

1190

1–561

562–984

985–1190

HoxB5bii

1190

1–564

565–984

985–1190

IDC-F2-M

HoxB5bi

1190

1–561

562–984

985–1190

HoxB5bii

1190

1–564

565–984

985–1190

HoxC4a

COC

HoxC4ai

1169

1–410

411–928

929–1169

HoxC4aii

1176

1–410

411–935

936–1176

BSB

HoxC4a

1125

1–410

411–933

934–1125

IDC-F1

HoxC4ai

1169

1–410

411–928

929–1169

HoxC4aii

1176

1–410

411–935

936–1176

HoxC4aiii

1173

1–410

411–932

933–1173

HoxC4a-1

1179

1–410

411–938

939–1179

IDMC-F1

HoxC4ai

1169

1–410

411–928

929–1169

HoxC4aii

1176

1–410

411–935

936–1176

IDMC-F2

HoxC4ai

1168

1–410

411–928

929–1168

HoxC4aii

1174

1–410

411–934

935–1174

IDC-F2-C

HoxC4ai

1169

1–410

411–928

929–1169

HoxC4aii

1176

1–410

411–935

936–1176

IDC-F2-M

HoxC4ai

1169

1–410

411–928

929–1169

HoxC4aii

1175

1–410

411–934

935–1175

HoxC6b

COC

HoxC6bi

942

2–392

393–763

764–942

BSB

HoxC6b-BSB

922

2–392

393–737

738–922

IDC-F1

HoxC6bi

949

2–392

393–763

764–949

HoxC6bii

964

2–392

393–778

779–964

HoxC6b-BSB

923

2–392

393–737

738–923

IDMC-F1

HoxC6bi

949

2–392

393–763

764–949

IDMC-F2

HoxC6bi

949

2–392

393–763

764–949

IDC-F2-C

HoxC6bi

949

2–392

393–763

764–949

IDC-F2-M

HoxC6bi

949

2–392

393–763

764–949

HoxD4a

COC

HoxD4ai

942

1–315

316–717

718–942

HoxD4aii

944

1–315

316–719

720–944

BSB

HoxD4a-BSB

911

1–306

307–686

687–911

IDC-F1

HoxD4ai

942

1–315

316–717

718–942

HoxD4aii

944

1–315

316–719

720–944

HoxD4aiii

952

1–315

316–727

728–952

HoxD4a-1

937

1–315

316–712

713–937

HoxD4a-2

960

1–315

316–735

736–960

HoxD4a-BSB

911

1–306

307–686

687–911

IDMC-F1

HoxD4ai

942

1–315

316–717

718–942

HoxD4aii

944

1–315

316–719

720–944

IDMC-F2

HoxD4ai

942

1–315

316–717

718–942

HoxD4aii

944

1–315

316–719

720–944

IDC-F2-C

HoxD4ai

942

1–315

316–717

718–942

HoxD4aii

944

1–315

316–719

720–944

IDC-F2-M

HoxD4ai

942

1–315

316–717

718–942

HoxD4aii

944

1–315

316–719

720–944

HoxD10a

COC

HoxD10ai

1551

1–589

590–1321

1322–1551

HoxD10aii

1546

1–592

593–1316

1317–1546

BSB

HoxD10a-BSB

1574

1–592

593–1344

1345–1574

IDC-F1

HoxD10ai

1554

1–589

590–1324

1325–1554

HoxD10aii

1546

1–592

593–1316

1317–1546

HoxD10aiii

1495

1–592

593–1265

1266–1495

HoxD10a-1

1480

1–592

593–1250

1251–1480

HoxD10a-BSB

1574

1–592

593–1344

1345–1574

IDMC-F1

HoxD10ai

1554

1–589

590–1324

1325–1554

HoxD10aii

1546

1–592

593–1316

1317–1546

IDMC-F2

HoxD10ai

1554

1–589

590–1324

1325–1554

HoxD10aii

1546

1–592

593–1316

1317–1546

IDC-F2-C

HoxD10ai

1554

1–589

590–1324

1325–1554

HoxD10aii

1546

1–592

593–1316

1317–1546

IDC-F2-M

HoxD10ai

1554

1–589

590–1324

1325–1554

HoxD10aii

1544

1–592

593–1314

1315–1544

  1. Ψdenotes a pseudogene