Skip to main content

Table 2 PCR amplification bands (recombinant bands) in COC, BSB, IDC-F1, IDMC-F1, IDMC-F2, IDC-F2-C, and IDC-F2-M

From: Rapid genomic DNA variation in newly hybridized carp lineages derived from Cyprinus carpio (♀) × Megalobrama amblycephala (♂)

Genes

Species

Locus

Size (bp)

Exon1 (bp)

Intron (bp)

Exon2 (bp)

HoxA4a

IDC-F1

HoxA4ai + HoxA4aii

1182

89–500

501–975

976–1182

HoxA4aii + HoxA4a-1 + HoxA4ai

1182

89–500

501–975

976–1182

HoxA4ai + HoxA4aiii

1184

89–500

501–977

978–1184

HoxA4ai + HoxA4a-BSB

1188

89–500

501–981

982–1188

HoxA4ai + HoxA4a-BSB + HoxA4ai

1182

89–500

501–975

976–1182

HoxA4a-BSB + HoxA4ai

1182/1188

89–500

501–975/981

976/982–1182/1188

HoxA4a-BSB + HoxA4aii

1188

89–500

501–981

982–1188

IDMC-F1

HoxA4aii + HoxA4ai

1182

89–500

501–975

976–1182

IDMC-F2

HoxA4aii + HoxA4ai

1182

89–500

501–975

976–1182

HoxA4ai + HoxA4aii

1182

89–500

501–975

976–1182

IDC-F2-C

HoxA4aii + HoxA4ai

1177/1182

89–500

501–970/975

971/976–1177/1182

HoxA4ai + HoxA4aii

1177/1182

89–500

501–970/975

971/976–1177/1182

IDC-F2-M

HoxA4ai + HoxA4aii

1177/1182

89–500

501–970/975

971/976–1177/1182

HoxA9a

IDMC-F2

HoxA9ai + HoxA9aii

891

1–381

382–694

695–891

HoxA2b

IDC-F1

HoxA2bi + HoxA2bii

1490

1–314

315–905

906–1490

IDMC-F2

HoxA2bi + HoxA2bii

1490

1–314

315–905

906–1490

IDC-F2-C

HoxA2bii + HoxA2bi

1475

1–314

315–890

891–1475

IDC-F2-M

HoxA2bii + HoxA2bi

1475

1–314

315–890

891–1475

HoxA11b

IDMC-F2

HoxA11bi + HoxA11b-BSB + HoxA11bi

1439/1455

3–590/605

591/606–1342/1358

1343/1359–1439/1455

IDC-F2-M

HoxA11bi + HoxA11b-BSB + HoxA11bi

1455

3–605

606–1357

1358–1455

HoxB1a

IDC-F2-M

HoxB1ai + HoxB1aiiψ

1510

1–462

463–1234

1235–1510

HoxB1aii + HoxB1aiψ

1503

1–462

463–1227

1228–1503

HoxB5b

IDC-F1

HoxB5bi + HoxB5bii + HoxB5bi

1190

1–564

565–984

985–1190

HoxB5bi + HoxB5bii

1190

1–564

565–984

985–1190

IDMC-F1

HoxB5bii + HoxB5bi

1194

1–564

565–988

989–1194

IDMC-F2

HoxB5bi + HoxB5bii

1187

1–561

562–981

982–1187

HoxB5bii + HoxB5bi + HoxB5bii

1194

1–564

565–988

989–1194

IDC-F2-C

HoxB5bii + HoxB5bi

1190

1–561

562–984

985–1190

IDC-F2-M

HoxB5bii + HoxB5bi

1190

1–564

565–984

985–1190

HoxB5bi + HoxB5bii

1188

1–561

562–982

983–1188

HoxC4a

IDC-F1

HoxC4aii + HoxC4ai

1174

1–410

411–933

934–1174

HoxC4aii + HoxC4aiii

1173

1–410

411–932

933–1173

IDMC-F1

HoxC4aii + HoxC4aiψ

1169

1–410

411–928

929–1169

IDMC-F2

HoxC4ai + HoxC4aii

1168/1175

1–410

411–928/935

929/936–1168/1175

HoxC4aii + HoxC4ai

1168

1–410

411–928

929–1168

IDC-F2-C

HoxC4ai + HoxC4aii

1169/1175

1–410

411–928/934

929/935–1169/1175

HoxC4aii + HoxC4ai

1169

1–410

411–928

929–1169

HoxC4ai + HoxC4aii + HoxC4ai

1175

1–410

411–934

935–1175

IDC-F2-M

HoxC4ai + HoxC4aii

1175

1–410

411–934

935–1175

HoxC4aii + HoxC4ai

1175

1–410

411–934

935–1175

HoxD4a

IDC-F1

HoxD4aiii + HoxD4a-1

937

1–315

316–712

713–937

IDMC-F1

HoxD4ai + HoxD4aii

944

1–315

316–719

720–944

IDMC-F2

HoxD4ai + HoxD4aii

944

1–315

316–719

720–944

HoxD4aii + HoxD4ai

942

1–315

316–717

718–942

IDC-F2-C

HoxD4ai + HoxD4aii + HoxD4ai

936

1–314

315–711

712–936

IDC-F2-M

HoxD4aii + HoxD4ai

937/944

1–315

316–712/719

713/720–937/944

HoxD4ai + HoxD4aii + HoxD4ai

937

1–315

316–712

713–937

HoxD4aii + HoxD4ai + HoxD4aii + HoxD4ai

937

1–315

316–712

713–937

HoxD10a

IDC-F1

HoxD10aii + HoxD10ai

1554

1–589

590–1324

1325–1554

HoxD10ai + HoxD10a-1

1494

1–588

589–1264

1265–1494

IDMC-F1

HoxD10aii + HoxD10ai

1545

1–592

593–1315

1316–1545

IDMC-F2

HoxD10aii + HoxD10ai

1542/1558

1–592

593–1312/1329

1313/1330–1542/1558

IDC-F2-C

HoxD10aii + HoxD10ai

1556

1–592

593–1326

1327–1556

HoxD10ai + HoxD10aii + HoxD10ai

1545

1–592

593–1315

1316–1545

IDC-F2-M

HoxD10ai + HoxD10aii

1544/1554

1–589

590–1314/1324

1315/1325–1544/1554

  1. Ψdenotes a pseudogene