Linkage disequilibrium and inbreeding estimation in Spanish Churra sheep

BMC Genomic Data

Table 1 A summary of statistics for the SNPs that passed quality control (QC)

Chromosome	NumSNP	Average Distance between SNPs (kb)	Average MAF	Average Heterozygosity	Rate cM/Mb	Average D’	Average r²	Average r² (<100Kb)
1	4,987	55.38	0.287	0.352	1.55	0.127	0.006	0.151
2	4,676	53.45	0.284	0.345	1.5	0.138	0.008	0.171
3	4,164	53.78	0.288	0.351	1.64	0.132	0.008	0.164
4	2,246	52.76	0.287	0.352	1.75	0.151	0.010	0.163
5	1,978	54.26	0.290	0.349	1.71	0.161	0.012	0.157
6	2,190	53.22	0.291	0.354	2.04	0.166	0.013	0.166
7	1,887	52.84	0.293	0.354	1.72	0.144	0.009	0.139
8	1,717	52.91	0.282	0.346	1.62	0.151	0.011	0.170
9	1,836	51.47	0.283	0.346	1.71	0.148	0.009	0.150
10	1,523	54.86	0.294	0.356	1.61	0.155	0.012	0.180
11	963	64.12	0.292	0.355	2.12	0.154	0.012	0.151
12	1,456	54.36	0.296	0.358	1.64	0.148	0.011	0.145
13	1,402	59.14	0.283	0.347	1.85	0.150	0.009	0.155
14	959	64.89	0.277	0.344	2.15	0.162	0.010	0.142
15	1,374	58.59	0.291	0.356	1.54	0.139	0.010	0.163
16	1,312	54.33	0.282	0.346	1.86	0.158	0.011	0.144
17	1,178	61.54	0.291	0.354	1.88	0.158	0.011	0.160
18	1,192	56.35	0.292	0.358	1.83	0.152	0.010	0.146
19	1,032	58.76	0.279	0.344	2.05	0.158	0.009	0.147
20	910	55.46	0.301	0.361	2.37	0.170	0.015	0.145
21	724	66.68	0.277	0.339	1.94	0.164	0.010	0.138
22	942	53.60	0.284	0.353	2.06	0.158	0.010	0.126
23	934	66.93	0.296	0.358	1.82	0.167	0.013	0.149
24	598	69.71	0.303	0.366	2.22	0.152	0.013	0.153
25	846	52.05	0.295	0.355	2.02	0.173	0.014	0.134
26	758	57.91	0.281	0.347	2.05	0.169	0.014	0.148

ISSN: 2730-6844