Skip to main content

Advertisement

Table 3 Allele frequencies of the polymorphisms associated with prostate cancer.

From: Prevalence of common disease-associated variants in Asian Indians

   Prostate Cancer  
Polymorphism: DG8S737 rs1447295
Nucleotide Change: MS C>A
  n -10 -9 -8 -7 -6 -5 -4 -3 -2 -1 0 +1 +2 +3 +4 +5 +6 +7 A
Mother Tongue
Assamese 26 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000 0.020 0.120 0.020 0.060 0.180 0.220 0.100 0.060 0.080 0.080 0.020 0.000 0.000 0.120
Bengali 27 0.017 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.034 0.121 0.155 0.190 0.103 0.155 0.052 0.121 0.052 0.000 0.000 0.000 0.121
Gujarati 181 0.000 0.042 0.000 0.000 0.042 0.000 0.021 0.042 0.229 0.188 0.188 0.042 0.042 0.125 0.042 0.000 0.000 0.000 0.125
Hindi 29 0.023 0.023 0.000 0.012 0.012 0.012 0.128 0.035 0.151 0.209 0.116 0.093 0.035 0.070 0.023 0.035 0.023 0.000 0.186
Kannada 24 0.000 0.071 0.000 0.000 0.018 0.000 0.089 0.036 0.161 0.268 0.125 0.036 0.000 0.143 0.054 0.000 0.000 0.000 0.125
Kashmiri 24 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060 0.060 0.120 0.220 0.120 0.200 0.040 0.120 0.060 0.000 0.000 0.000 0.040
Konkani 43 0.000 0.019 0.000 0.000 0.019 0.019 0.077 0.115 0.135 0.173 0.192 0.058 0.135 0.019 0.019 0.019 0.000 0.000 0.192
Malayalam 25 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.093 0.037 0.167 0.204 0.111 0.185 0.019 0.148 0.000 0.019 0.000 0.019 0.074
Marathi 26 0.000 0.000 0.000 0.000 0.037 0.000 0.074 0.037 0.093 0.278 0.111 0.130 0.056 0.093 0.056 0.037 0.000 0.000 0.111
Marwari 25 0.000 0.008 0.003 0.000 0.008 0.022 0.110 0.028 0.116 0.293 0.122 0.077 0.058 0.105 0.041 0.006 0.003 0.000 0.141
Oriya 27 0.000 0.000 0.019 0.019 0.058 0.038 0.058 0.135 0.077 0.173 0.173 0.096 0.038 0.077 0.019 0.019 0.000 0.000 0.308
Parsi 25 0.000 0.000 0.020 0.000 0.040 0.000 0.020 0.020 0.380 0.220 0.100 0.140 0.020 0.020 0.020 0.000 0.000 0.000 0.040
Punjabi 28 0.000 0.000 0.000 0.000 0.017 0.000 0.052 0.069 0.121 0.345 0.121 0.086 0.086 0.069 0.034 0.000 0.000 0.000 0.034
Tamil 29 0.000 0.000 0.000 0.000 0.018 0.018 0.161 0.018 0.125 0.143 0.143 0.143 0.054 0.107 0.054 0.018 0.000 0.000 0.161
Telugu 28 0.000 0.021 0.000 0.000 0.000 0.000 0.042 0.104 0.188 0.375 0.083 0.021 0.042 0.042 0.021 0.042 0.000 0.021 0.104
FST   0.007 0.020
p-value   1 1
Gender
Female 237 0.002 0.021 0.004 0.002 0.019 0.011 0.078 0.044 0.146 0.251 0.129 0.099 0.057 0.078 0.049 0.011 0.000 0.000 0.120
Male 339 0.003 0.009 0.001 0.001 0.013 0.013 0.091 0.052 0.140 0.242 0.133 0.094 0.049 0.105 0.032 0.013 0.004 0.003 0.136
FST   0 0
p-value   1 1
Population
Cohort 576 0.003 0.014 0.003 0.002 0.016 0.012 0.085 0.050 0.142 0.245 0.130 0.098 0.052 0.094 0.039 0.012 0.003 0.002 0.129
Standard Error   0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.003 0.011 0.010 0.020 0.017 0.010 0.014 0.008 0.010 0.005 0.004 0.002 0.002 0.018
HWE Constant   0.003 0.002
p-value   0.433 0.580
Welch modified t-test:                     
Africa                     
Europe                     0.091
Asia                     0.486
Americas                     
  1. Alleles of DG8S737 were assigned based upon the change in the number of repeats away from that of the reference sequence in the NCBI database (23 AC dinucleotide repeats). Allele -1 is equivalent to the prostate cancer risk-associated -8 allele reported by Amundadottir et al. that had 22 repeats [58]. P-values significant at <0.05 are shown in bold.