Skip to main content

Advertisement

Table 3 SNP genetic diversity within and between supposed ancestral varietal groups

From: Next generation haplotyping to decipher nuclear genomic interspecific admixture in Citrusspecies: analysis of chromosome 2

  Whole population Citrons Mandarins Citrus micrantha Pummelos 4 populations
  Ho He F W Ho He F W Ho He F W Ho He F W Ho He F W F ST
2P737170 0.11 0.23 0.52 0.02 0.03 0.33 0.01 0.01 −0.04 0.15 0.08 −1.00 0.08 0.07 −0.22 0.78
SD 0.07 0.15 0.25 0.02 0.11 0.00 0.03 0.02 0.00 0.36 0.18 0.00 0.04 0.15 0.08 0.33
CI 0.03 0.07 0.11 0.02 0.05 - 0.01 0.01 - 0.16 0.08 - 0.02 0.07 0.08 0.14
2P3068140 0.18 0.33 0.46 0.00 0.00 - 0.07 0.10 −0.01 0.00 0.00 - 0.02 0.02 −0.18 0.72
SD 0.08 0.17 0.22 0.00 0.00 - 0.12 0.10 0.13 0.00 0.00 - 0.04 0.07 - 0.40
CI 0.05 0.09 0.12 - - - 0.06 0.05 0.07 - - - 0.02 0.04 - 0.22
2P4517048 0.09 0.19 0.55 0.01 0.01 −0.09 0.10 0.08 −0.17 0.00 0.00 - 0.06 0.05 −0.14 0.48
SD 0.07 0.19 0.33 0.03 0.04 - 0.07 0.18 0.22 0.00 0.00 - 0.08 0.09 0.04 0.47
CI 0.04 0.11 0.19 0.02 0.02 - 0.04 0.10 0.25 - - - 0.05 0.05 0.04 0.27
2P8108334 0.12 0.20 0.42 0.01 0.04 0.80 0.04 0.06 0.38 0.21 0.10 −1.00 0.14 0.09 −0.52 0.52
SD 0.09 0.18 0.36 0.01 0.10 0.49 0.05 0.14 0.28 0.41 0.20 0.00 0.06 0.17 0.33 0.36
CI 0.03 0.06 0.11 0.01 0.03 0.39 0.03 0.04 0.18 0.13 0.06 - 0.04 0.05 0.20 0.11
2P11442721 0.15 0.18 0.18 0.02 0.02 −0.09 0.23 0.20 −0.19 0.00 0.00 - 0.06 0.06 0.04 0.32
SD 0.11 0.13 0.26 0.05 0.05 0.00 0.09 0.20 0.16 0.00 0.00 - 0.06 0.12 0.32 0.35
CI 0.05 0.05 0.11 0.04 0.02 0.00 0.05 0.08 0.09 - - - 0.04 0.05 0.28 0.15
2P13928427 0.11 0.17 0.38 0.04 0.05 0.17 0.06 0.05 −0.11 0.10 0.05 −1.00 0.01 0.01 −0.05 0.40
SD 0.08 0.16 0.23 0.04 0.15 0.00 0.11 0.08 0.05 0.30 0.15 0.00 0.03 0.03 0.00 0.38
CI 0.04 0.07 0.10 0.04 0.06 - 0.06 0.04 0.04 0.13 0.07 - 0.02 0.01 - 0.16
2P21022460 0.12 0.19 0.34 0.00 0.04 1.00 0.05 0.06 0.11 0.18 0.09 −1.00 0.10 0.07 −0.50 0.49
SD 0.08 0.13 0.28 0.00 0.13 - 0.07 0.13 0.11 0.39 0.20 0.00 0.03 0.16 0.35 0.41
CI 0.05 0.08 0.16 - 0.08 - 0.03 0.08 0.11 0.23 0.12 - 0.02 0.09 0.48 0.24
2P25198627 0.17 0.21 0.20 0.08 0.10 0.16 0.10 0.13 0.23 0.17 0.08 −1.00 0.20 0.15 −0.38 0.34
SD 0.14 0.16 0.20 0.08 0.18 0.61 0.14 0.18 0.22 0.37 0.19 0.00 0.10 0.22 0.05 0.33
CI 0.08 0.09 0.12 0.06 0.10 0.69 0.07 0.10 0.15 0.21 0.11 - 0.06 0.12 0.05 0.19
2P26819388 0.09 0.16 0.46 0.07 0.05 −0.33 0.08 0.13 0.45 0.32 0.17 −1.00 0.02 0.02 −0.33 0.25
SD 0.10 0.17 0.30 0.06 0.13 0.00 0.10 0.19 0.36 0.47 0.24 0.00 0.02 0.08 - 0.18
CI 0.04 0.07 0.12 0.05 0.05 - 0.07 0.08 0.21 0.19 0.10 - 0.01 0.03 - 0.07
2P29538734 0.17 0.26 0.34 0.00 0.03 1.00 0.19 0.16 −0.18 0.06 0.03 −1.00 0.05 0.05 −0.07 0.53
SD 0.11 0.16 0.28 0.00 0.09 0.00 0.16 0.17 0.09 0.23 0.11 0.00 0.06 0.10 0.37 0.39
CI 0.04 0.05 0.09 - 0.03 - 0.08 0.05 0.04 0.08 0.04 - 0.04 0.03 0.23 0.13
2P30446231 0.12 0.20 0.37 0.02 0.04 0.56 0.10 0.11 0.07 0.08 0.04 −1.00 0.10 0.16 0.39 0.47
SD 0.09 0.14 0.28 0.04 0.12 0.00 0.12 0.17 0.11 0.27 0.14 0.00 0.07 0.20 0.44 0.37
CI 0.03 0.05 0.11 0.03 0.05 - 0.06 0.07 0.07 0.10 0.05 - 0.05 0.08 0.26 0.14
2P32507721 0.14 0.21 0.31 0.00 0.00 - 0.29 0.31 0.06 0.18 0.08 −1.00 0.07 0.04 −0.60 0.43
SD 0.10 0.14 0.18 0.00 0.00 - 0.25 0.24 0.05 0.39 0.19 0 0.04 0.14 - 0.32
CI 0.06 0.08 0.10 - - - 0.13 0.14 0.03 0.23 0.11 - 0.02 0.08 - 0.18
2P33506778 0.18 0.29 0.37 0.00 0.00 - 0.18 0.17 −0.07 0.00 0.00 - 0.05 0.06 0.20 0.81
SD 0.13 0.17 0.11 0.00 0.00 - 0.17 0.21 0.02 0.00 0.00 - 0.08 0.15 - 0.20
CI 0.10 0.13 0.09 - - - 0.09 0.17 0.03 - - - 0.05 0.12 - 0.16
2P33532337 0.19 0.32 0.39 0.00 0.07 1.00 0.23 0.24 −0.14 0.00 0.00 - 0.04 0.09 0.52 0.65
SD 0.11 0.15 0.15 0.00 0.08 0.00 0.26 0.17 0.20 0.00 0.00 - 0.09 0.19 0.00 0.31
CI 0.07 0.10 0.10 - 0.05 - 0.14 0.11 0.15 - - - 0.06 0.12 - 0.21
2P35391362 0.22 0.37 0.41 0.01 0.01 −0.09 0.24 0.20 −0.24 0.00 0.00 - 0.02 0.06 −0.15 0.73
SD 0.09 0.13 0.16 0.02 0.04 - 0.24 0.18 0.10 0.00 0.00 - 0.03 0.09 0.09 0.24
CI 0.04 0.06 0.07 0.02 0.02 - 0.13 0.08 0.06 - - - 0.02 0.04 0.06 0.11
2P36235952 0.13 0.28 0.55 0.00 0.00 - 0.02 0.04 0.45 0.04 0.02 −1.00 0.08 0.07 −0.28 0.55
SD 0.08 0.21 0.34 0.00 0.00 - 0.04 0.11 0.35 0.20 0.10 0.00 0.02 0.13 0.15 0.47
CI 0.03 0.08 0.14 - - - 0.02 0.04 0.26 0.08 0.04 - 0.01 0.05 0.12 0.19
Total 0.14 0.23 0.29 0.02 0.03 0.46 0.12 0.12 −0.02 0.09 0.05 −1.00 0.07 0.07 −0.08 0.51
SD 0.10 0.17 0.28 0.01 0.10 0.53 0.05 0.17 0.24 0.19 0.15 0.00 0.02 0.14 0.37 0.38
CI 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.19 0.03 0.02 0.04 0.09 0.02 - 0.01 0.02 0.09 0.04
  1. Ho: observed heterozygosity; He: expected heterozygosity; FW: fixation index; FST: fixation index within population; SD: standard deviation; CI: confidence interval estimated with alpha = 0.05.