Skip to main content

Table 2 Important variable regions and classification of recent monkeypox viruses

From: Exploring the key genomic variation in monkeypox virus during the 2022 outbreak

Type

Region

Nucleotide Site

RS1

RS5

RS8

RS9

AA Site

RS1

RS5

RS8

RS9

Class

ORF

J2L

2626

G

  

A

54

S

  

F

I

 

C9L

32398

G

  

A

276

L

   

I

 

33084

G

  

A

48

R

  

C

 

C15L

36486

G

  

A

78

P

  

S

I

 

A47R

152326

C

  

T

221

H

  

Y

I

 

J1L

1298

G

  

A

105

S

  

L

II

 

D9L

14058

G

  

T

423

A

  

D

II

 

C3L

27697

G

  

A

36

S

  

F

II

 

C18L

39229

G

  

A

611

F

   

II

 

40387

G

  

A

225

I

   
 

40689

C

  

T

125

E

  

K

 

C19L

41146

C

  

T

359

E

   

II

 

41166

C

  

T

353

E

  

K

 

F8L

55158

G

  

A

518

V

   

II

 

56390

G

  

A

108

L

  

F

 

F9R

56908

G

  

A

56

D

  

N

II

 

G9R

75339

C

  

T

30

S

  

L

II

 

75512

G

  

A

88

D

  

N

 

G10R

76478

G

  

A

142

M

  

I

II

 

M4R

79656

G

  

A

162

E

  

K

II

 

A19R

126413

G

  

A

62

E

  

K

II

 

126957

G

  

A

243

R

  

Q

 

127532

G

 

A

A

435

E

 

K

K

 

A24R

130359

G

 

A

A

100

D

 

N

N

II

 

130981

C

  

T

307

S

  

L

 

B21R

181670

G

  

A

209

D

  

N

II

 

183209

C

  

T

722

P

  

S

 

186265

G

  

A

1740

M

  

I

 

J2R

194233

C

  

T

54

S

  

F

II

 

J3R

195561

C

  

T

105

S

  

L

II

 

J3L

3147

G

  

A

498

I

a

a

a

III

 

3558

G

  

A

361

I

   
 

3854

C

  

T

263

D

   
 

D3R

7747

C

  

T

64

I

   

III

 

O1L

23728

G

  

A

237

F

   

III

 

C1L b

25599

C

 

T

T

185

S

   

III

 

I7L

66571

G

  

A

140

I

   

III

 

G8L b

74635

C

 

T

T

196

D

 

N

N

III

 

L6R b

83548

G

  

A

50

K

   

III

 

84646

C

  

T

356

N

   
 

84724

G

  

A

442

T

   
 

85599

C

 

T

T

734

S

 

L

L

 

86860

C

  

T

1154

F

   
 

H4L b

89503

G

 

A

A

740

H

 

Y

Y

III

 

89570

G

 

A

A

717

F

   
 

E3R

97316

G

  

A

125

V

   

III

 

A11L b

121579

C

 

T

T

98

D

 

N

N

III

 

A14L b

123603

C

 

T

T

17

A

 

T

T

III

 

A45L b

150269

G

 

A

A

328

I

   

III

 

B5R b

164557

C

 

T

T

500

L

   

III

 

B9R b

167383

G

 

T

T

108

R

 

I

I

III

 

167847

C

 

T

T

263

L

 

F

F

 

B11R

169968

G

  

A

75

R

   

III

 

J1R

193005

G

  

A

263

D

a

a

a

III

 

193301

C

  

T

361

I

   
 

193712

C

  

T

498

I

   
 

B14R

172992-172993

Add

(AT)34

(AT)34

(AT) 18

  

a

a

a

III

NCR

 

15486

G

  

A

     

II

153420

A

  

C

     

II

157756

G

  

A

     

II

177827

G

  

A

     

II

135368-135369

Add

(T)19

(T)18

(T) 17

     

II

94010b

G

 

A

A

     

III

187115b

C

 

T

T

     

III

178879-178896b

(TATATACAT)2

Del

 

✓

✓

     

III

  1. aTerminator appeared before the mutation; bMutation common and unique to RS8 and RS9; (AT)34: 34 cycles of AT, and similar formats have the same interpretation
  2. Abbreviation: RS Reference sequence, AA Amino acid, ORF Open reading frame, NCR Non-coding region, Del Deletion