Table 2 GO enrichment analysis results with the AtRNAi, predicted PdRNAi and OsRNAi proteins

GO:0009615

response to virus

BP

PdAGO-2,3, PdDCL-3b, PdDCL-1, PdDCL-4, PdAGO-7, PdRDR-1, PdAGO-4,8,9, PdRDR-6, PdAGO-10

AtRDR-1, AtAGO-2, AtAGO-3, AtAGO-1, AtAGO-7, AtAGO-4, AtAGO-5, AtAGO-6, AtDCL-2, AtDCL-3, AtRDR-6, AtDCL-4, AtAGO-9, AtAGO-10

SHL2, OsAGO1a, OsRDR1, OsDCL1a, SHL4, OsDCL2a, OsMEL1, OsAGO4b, SHO1, OsAGO2, OsPNH1, OsDCL3b

GO:0030422

production of siRNA involved in RNA interference

BP

PdDCL-3b, PdDCL-1, PdDCL-4, PdRDR-2, PdAGO-7, PdRDR-1, PdAGO-4,8,9, PdRDR-6

AtDCL-1, AtRDR-1, AtAGO-7, AtAGO-4, AtAGO-6, AtDCL-2, AtDCL-3, AtRDR-6, AtRDR-2, AtDCL-4

SHL2, OsRDR1, OsDCL1a, SHL4, OsDCL2a, OsAGO4b, OsRDR2, SHO1, OsDCL1c, OsDCL1b, OsDCL2b, OsDCL3b

GO:0016246

RNA interference

BP

PdDCL-3b, PdDCL-1, PdDCL-4, PdRDR-2, PdAGO-7, PdRDR-1, PdAGO-4,8,9, PdRDR-6

AtDCL-1, AtRDR-1, AtAGO-7, AtAGO-4, AtAGO-6, AtDCL-2, AtDCL-3, AtRDR-6, AtRDR-2, AtDCL-4,

SHL2, OsRDR1, OsDCL1a, SHL4, OsDCL2a, OsAGO4b, OsRDR2, SHO1, OsDCL1c, OsDCL1b, OsDCL2b

GO:0031050

dsRNA fragmentation

BP

PdDCL-3b, PdDCL-1, PdDCL-4, PdRDR-2, PdAGO-7, PdRDR-1, PdAGO-4,8,9, PdRDR-6

AtDCL-1, AtRDR-1, AtAGO-7, AtAGO-4, AtAGO-6, AtDCL-2, AtDCL-3, AtRDR-6, AtRDR-2, AtDCL-4

SHL2, OsRDR1, OsDCL1a, SHL4, OsDCL2a, OsAGO4b, OsRDR2, SHO1, OsDCL1c, OsDCL1b, OsDCL2b, OsDCL3b

GO:0003968

RNA-directed RNA polymerase activity

MF

PdRDR-2, PdRDR-1, PdRDR-6

AtRDR-1, AtRDR-6, AtRDR-2

OsRDR3, OsRDR4, SHL2, OsRDR1, OsRDR2

GO:0004525

ribonuclease III activity

MF

PdDCL-3b, PdDCL-1, PdDCL-4

AtDCL-1, AtDCL-2, AtDCL-3, AtDCL-4

OsDCL3a, OsDCL1a, OsDCL2a, SHO1, OsDCL1c, OsDCL1b, OsDCL2b, OsDCL3b

GO:0032296

double-stranded RNA-specific ribonuclease activity

MF

PdDCL-3b, PdDCL-1, PdDCL-4

AtDCL-1, AtDCL-2, AtDCL-3, AtDCL-4

OsDCL3a, OsDCL1a, OsDCL2a, SHO1, OsDCL1c, OsDCL1b, OsDCL2b, OsDCL3b

GO:0035197

siRNA binding

MF

PdAGO-2,3, PdAGO-4,8,9,

AtAGO-2, AtAGO-1, AtAGO-4, AtAGO-6, AtAGO-9

OsAGO1a, OsMEL1, OsAGO4b, OsAGO2